PDB-3m6e: F80A mutant of the Urea Transporter from Desulfovibrio Vulgaris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m6e

タイトル

F80A mutant of the Urea Transporter from Desulfovibrio Vulgaris

要素

Putative urea transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / channel / urea transport / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS

機能・相同性

機能・相同性情報

urea binding / urea channel activity / urea transmembrane transport / protein homotrimerization / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: F80A mutant of the Urea Transporter from Desulfovibrio Vulgaris
著者: Levin, E.J. / Zhou, M.

履歴

登録	2010年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年10月6日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m6e.cif.gz	140.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m6e.ent.gz	109.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m6e_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m6e_full_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示
XML形式データ	3m6e_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	3m6e_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k3fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3k3g-1 3k3f-1 6zas-1 6zax-1 3b2e-1 6zau-1 3m77-1 4ezc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.3782

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative urea transporter

ヘテロ分子

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative urea transporter

ヘテロ分子

A: Putative urea transporter

ヘテロ分子

A: Putative urea transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.558, 110.558, 84.523
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Putative urea transporter 分子量: 35938.391 Da / 分子数: 1 / 変異: F80A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 株: Hildenborough / 遺伝子: DVU_1160 / プラスミド: pET SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72CX3
#2: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 26% PEG 1500, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1.2135 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月19日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.2135 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 16528 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Χ²: 1.186 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.65-2.7	3.3	0.953	841	1.453	98.4
2.7-2.74	3.8	0.802	832	1.606	98
2.74-2.8	4.3	0.713	817	1.297	98
2.8-2.85	4.9	0.753	840	1.379	98.6
2.85-2.92	5.4	0.671	840	1.278	96.9
2.92-2.98	5.8	0.573	848	1.545	98.4
2.98-3.06	6.1	0.51	822	1.183	98
3.06-3.14	6.3	0.432	831	1.107	96.9
3.14-3.23	6.5	0.351	835	1.076	97.3
3.23-3.34	6.4	0.288	820	1.117	97.6
3.34-3.46	6.4	0.208	832	0.976	97.2
3.46-3.6	6.4	0.173	833	1.266	97.2
3.6-3.76	5.9	0.342	825	2.087	96.5
3.76-3.96	6.4	0.124	833	1.024	96.2
3.96-4.21	6.5	0.089	812	0.943	95.9
4.21-4.53	6.5	0.079	815	0.966	96
4.53-4.99	6.4	0.072	826	1.01	95.1
4.99-5.71	6.3	0.062	817	0.915	95.6
5.71-7.19	6.5	0.06	830	0.989	94.7
7.19-50	6	0.066	779	1.08	86.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	47.87 Å
Translation	3.5 Å	47.87 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3K3F

3k3f

解像度: 2.65→47.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.248 / WR_factor R_work: 0.212 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.838 / SU B: 17.689 / SU ML: 0.187 / SU R Cruickshank DPI: 0.36 / SU R_free: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	824	5 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.195	16438	95.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.15 Å² / B_iso mean: 78.352 Å² / B_iso min: 54.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0.33 Å²	0 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2484	0	9	19	2512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.571	1.97	3465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.876	5	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.261	22.857	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.186	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.259	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.576	1.5	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.985	2	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.523	3	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.325	4.5	835

LS精密化シェル

解像度: 2.653→2.722 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	59	-
R_work	0.241	1170	-
all	-	1229	-
obs	-	1170	96.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4118	0.8984	-0.3286	2.3038	1.5832	1.9312	0.0247	0.3228	-0.7711	0.0793	-0.1326	0.5553	0.4755	-0.1545	0.1079	0.4154	0.0439	0.1749	-0.0764	-0.1621	0.3318	-55.147	-1.1262	-7.273
2	2.677	0.161	0.8102	2.7276	0.3109	1.0361	-0.0918	0.0735	-0.5548	-0.0294	-0.1868	0.21	0.4298	-0.2185	0.2787	-0.0225	-0.0458	0.105	-0.2	-0.0834	-0.0884	-61.2397	14.2348	0.7316
3	1.9814	-0.0275	-0.8408	2.1784	0.6202	2.9712	-0.1988	-0.2174	-0.8741	0.4476	-0.1369	-0.6512	0.8497	0.5463	0.3357	0.1817	0.1803	0.1038	-0.0066	0.1819	0.2492	-40.5313	7.4664	7.421
4	1.7556	0.273	-0.3319	2.4503	-0.4582	1.8397	-0.1484	0.0267	-0.3962	-0.0786	-0.1608	-0.5421	0.3747	0.4687	0.3093	-0.1319	0.084	0.0837	-0.0999	0.0985	-0.0787	-40.8486	19.0236	2.0346
5	1.4429	2.6614	0.6821	13.3583	2.7028	3.3711	-0.4133	0.9213	-0.5547	-1.7291	0.18	0.1076	0.2477	0.1543	0.2333	0.337	0.0637	0.3759	0.3457	-0.0478	0.2428	-39.2828	15.5402	-18.6367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	216 - 309
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	310 - 334

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