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- PDB-3m63: Crystal structure of Ufd2 in complex with the ubiquitin-like (UBL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m63
タイトルCrystal structure of Ufd2 in complex with the ubiquitin-like (UBL) domain of Dsk2
要素
  • Ubiquitin conjugation factor E4
  • Ubiquitin domain-containing protein DSK2
キーワードLIGASE/PROTEIN BINDING / Armadillo-like repeats / Ubl conjugation pathway / Nucleus / Phosphoprotein / LIGASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / spindle pole body duplication / protein localization to vacuole / cellular response to ethanol / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein K48-linked ubiquitination / ERAD pathway ...Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / spindle pole body duplication / protein localization to vacuole / cellular response to ethanol / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein K48-linked ubiquitination / ERAD pathway / ubiquitin ligase complex / positive regulation of protein ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin conjugation factor E4 / Ubiquitin conjugation factor E4, core / Ubiquitin elongating factor core / : / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain ...Ubiquitin conjugation factor E4 / Ubiquitin conjugation factor E4, core / Ubiquitin elongating factor core / : / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ubiquitin domain-containing protein DSK2 / E4 ubiquitin-protein ligase UFD2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Haenzelmann, P. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The yeast E4 ubiquitin ligase Ufd2 interacts with the ubiquitin-like domains of Rad23 and Dsk2 via a novel and distinct ubiquitin-like binding domain.
著者: Hanzelmann, P. / Stingele, J. / Hofmann, K. / Schindelin, H. / Raasi, S.
履歴
登録2010年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年9月25日Group: Derived calculations
改定 1.32021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin conjugation factor E4
B: Ubiquitin domain-containing protein DSK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,6244
ポリマ－122,3462
非ポリマー2772
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.130, 125.700, 181.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin conjugation factor E4 / Ubiquitin fusion degradation protein 2 / UB fusion protein 2


分子量: 110806.328 Da / 分子数: 1 / 変異: S102L, D677V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: D1255, UFD2, YDL190C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL (DE3) / 参照: UniProt: P54860
#2: タンパク質 Ubiquitin domain-containing protein DSK2


分子量: 11539.952 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-75, Ubiquitin-like domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DSK2, SHE4, YM8021.02, YMR276W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL (DE3) / 参照: UniProt: P48510
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 16-18% PEG 3500 200 mM Tripotassium citrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→73.501 Å / Num. all: 58089 / Num. obs: 58089 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 58089 / Rsym value: 0.509 / % possible all: 95.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QIZ

2qiz


解像度: 2.4→73.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 19.187 / SU ML: 0.201 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 2951 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.21 58038 --
obs0.21 58038 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.92 Å2 / Biso mean: 42.881 Å2 / Biso min: 12.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→73.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8269 0 17 183 8469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9711450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.27751022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.29324.758414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.834151534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8441544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1325134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11338336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3564.53342
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.01663113
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 181 -
Rwork0.289 3698 -
all-3879 -
obs--90.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.657-0.081-0.04831.627-0.46081.80060.10260.2046-0.0898-0.627-0.1519-0.21220.25330.09370.04930.44820.12270.07130.18280.00810.132643.0292-22.5259-53.2683
20.4104-0.5593-0.2651.43370.3740.62170.1190.1012-0.0125-0.0733-0.02820.1644-0.1815-0.1225-0.09080.18460.04260.04280.16480.05250.137324.971-12.0726-20.8211
31.6753-0.1191-0.71771.3465-0.66462.87140.0781-0.1435-0.1443-0.1465-0.028-0.06020.12670.1006-0.050.1244-0.04170.00830.1508-0.01160.105322.2492-12.949912.15
44.3839-1.18674.24272.8142-2.08211.3138-0.0262-0.5701-0.4197-0.03340.18450.2838-0.1896-1.4956-0.15820.08110.05620.00590.37040.00970.1267-10.4041-2.913826.9552
58.5915-7.21792.98068.1862-2.48031.06530.02841.5856-0.2299-1.53210.0515-0.019-0.1540.4309-0.07991.859-0.2922-0.02951.8101-0.29590.187232.4158-25.1524-82.2511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 326
2X-RAY DIFFRACTION2A327 - 610
3X-RAY DIFFRACTION3A611 - 872
4X-RAY DIFFRACTION4A873 - 953
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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