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- PDB-3m5b: Crystal structure of the BTB domain from FAZF/ZBTB32 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m5b
タイトルCrystal structure of the BTB domain from FAZF/ZBTB32
要素Zinc finger and BTB domain-containing protein 32
キーワードTRANSCRIPTION / BTB domain / POZ domain / BTB/POZ domain / ZBTB32 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 32 / Fanconi anemia zinc finger protein / FAXF / Rog / TZFP / ZNF538 / Testis zinc finger protein / FANCC-interacting protein / transcription regulator / alpha/beta protein / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION DOMAIN / ZINC-FINGER PROTEIN / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Repressor / Transcription regulation / Zinc-finger / DNA BINDING PROTEIN / FAZF
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immune system process / regulation of cytokine production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding ...regulation of immune system process / regulation of cytokine production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger of C2H2 type / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...Zinc-finger of C2H2 type / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 32
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Pomroy, N.C. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Insights into Strand Exchange in BTB Domain Dimers from the Crystal Structures of FAZF and Miz1.
著者: Stogios, P.J. / Cuesta-Seijo, J.A. / Chen, L. / Pomroy, N.C. / Prive, G.G.
履歴
登録2010年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 32
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 32


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6452
ポリマ－25,6452
非ポリマー00
水2,774154
1
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 32

A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 32


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6452
ポリマ－25,6452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1660 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11080 Å2
手法PISA
2
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 32

B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 32


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6452
ポリマ－25,6452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1630 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.076, 32.809, 69.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.20, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 32 / Fanconi anemia zinc finger protein / Testis zinc finger protein / FANCC-interacting protein


分子量: 12822.558 Da / 分子数: 2 / 断片: BTB domain from FAZF/ZBTB32 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAZF, TZFP, ZBTB32 / プラスミド: pET-32(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q9Y2Y4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.35 M sodium citrate pH 5.5 and 30% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 14434 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.96 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 16.95
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / Num. unique all: 953 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STARTING MODEL: SINGLE CHAIN POLY-ALANINE MODEL OF PDB CODE 1BUO, EXCEPT LOOP REGIONS AND TURNS

1buo


解像度: 2→26.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 4.186 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24388 704 4.9 %RANDOM
Rwork0.18635 ---
obs0.18916 13726 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→26.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1668 0 0 154 1822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0221702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7921.9812312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9155216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.87522.63276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.72315272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1241520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021306
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.21085
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3831.51157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93121726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.043665
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8444.5586
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 45 -
Rwork0.203 1008 -
obs--96.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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