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- PDB-3m4p: Entamoeba histolytica asparaginyl-tRNA synthetase (AsnRS) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m4p
タイトルEntamoeba histolytica asparaginyl-tRNA synthetase (AsnRS) in complex with asparaginyl-adenylate
要素Asparaginyl-tRNA synthetase, putative
キーワードLIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / tRNA ligase / AARS / AsnRS / translation / ATP-binding / nucleotide-binding / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine-tRNA ligase / asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Asparagine-tRNA ligase / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Asparagine-tRNA ligase / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4AD / asparagine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray crystal structure of asparaginyl-tRNA synthetase from the eukaryotic human pathogen Entamoeba histolytica.
著者: Larson, E.T. / Kim, J.E. / Napuli, A. / Kelley, A. / Castaneda, L. / Verlinde, C.L.M.J. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Hol, W.G.J. / Merritt, E.A.
履歴
登録2010年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asparaginyl-tRNA synthetase, putative
B: Asparaginyl-tRNA synthetase, putative
C: Asparaginyl-tRNA synthetase, putative
D: Asparaginyl-tRNA synthetase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,21122
ポリマ－210,0254
非ポリマー3,18618
水362
1
A: Asparaginyl-tRNA synthetase, putative
B: Asparaginyl-tRNA synthetase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,60611
ポリマ－105,0122
非ポリマー1,5939
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11290 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area35340 Å2
手法PISA
2
C: Asparaginyl-tRNA synthetase, putative
D: Asparaginyl-tRNA synthetase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,60611
ポリマ－105,0122
非ポリマー1,5939
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11160 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area35340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.426, 58.816, 181.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALVALVALAA14 - 5919 - 64
21VALVALVALVALBB14 - 5919 - 64
31VALVALVALVALCC14 - 5919 - 64
41VALVALVALVALDD14 - 5919 - 64
12LEULEULEULEUAA74 - 8679 - 91
22LEULEULEULEUBB74 - 8679 - 91
32LEULEULEULEUCC74 - 8679 - 91
42LEULEULEULEUDD74 - 8679 - 91
13ILEILEILEILEAA98 - 178103 - 183
23ILEILEILEILEBB98 - 178103 - 183
33ILEILEILEILECC98 - 178103 - 183
43ILEILEILEILEDD98 - 178103 - 183
14LEULEUTYRTYRAA201 - 226206 - 231
24LEULEUTYRTYRBB201 - 226206 - 231
34LEULEUTYRTYRCC201 - 226206 - 231
44LEULEUTYRTYRDD201 - 226206 - 231
15LEULEUHISHISAA237 - 274242 - 279
25LEULEUHISHISBB237 - 274242 - 279
35LEULEUHISHISCC237 - 274242 - 279
45LEULEUHISHISDD237 - 274242 - 279
16METMETVALVALAA330 - 355335 - 360
26METMETVALVALBB330 - 355335 - 360
36METMETVALVALCC330 - 355335 - 360
46METMETVALVALDD330 - 355335 - 360
17GLUGLUGLUGLUAA363 - 387368 - 392
27GLUGLUGLUGLUBB363 - 387368 - 392
37GLUGLUGLUGLUCC363 - 387368 - 392
47GLUGLUGLUGLUDD363 - 387368 - 392
18TYRTYRPROPROAA403 - 451408 - 456
28TYRTYRPROPROBB403 - 451408 - 456
38TYRTYRPROPROCC403 - 451408 - 456
48TYRTYRPROPRODD403 - 451408 - 456

-
要素

#1: タンパク質
Asparaginyl-tRNA synthetase, putative / EhAsnRS


分子量: 52506.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: 159.m00096, EHI_126920 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4LWW8, asparagine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-4AD / 4-AMINO-1,4-DIOXOBUTAN-2-AMINIUM ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ASNAMP


分子量: 462.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N7O9P
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1 ul 22 mg/ml protein in SGPP buffer mixed with 1 ul well soln. (100 mM Bis-Tris pH 5.5, 28% PEG 3350, 240 mM ammonium sulfate), drop supplemented with 10 mM L-asparagine + 10 mM ATP + 10 mM ...詳細: 1 ul 22 mg/ml protein in SGPP buffer mixed with 1 ul well soln. (100 mM Bis-Tris pH 5.5, 28% PEG 3350, 240 mM ammonium sulfate), drop supplemented with 10 mM L-asparagine + 10 mM ATP + 10 mM MgCl2 + 5 mM DTT; cryoprotected by quick dip in well soln containing 30% PEG 3350 and supplemented with 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月6日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→50 Å / Num. obs: 50783 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.83→2.93 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5048 / Χ2: 1.1 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.7 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.83 Å42.14 Å
Translation2.83 Å42.14 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.5.0106精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1x56, protein only model prepared using CHAINSAW

1x56


解像度: 2.83→41.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 33.612 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2577 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 50772 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 173.66 Å2 / Biso mean: 75.533 Å2 / Biso min: 29.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.52 Å20 Å2-1.73 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----4.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→41.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13902 0 196 2 14100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02214450
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029793
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9851.97719620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7723.00123765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65151725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16523.884672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.71152422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7631584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.22104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02115888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.90248677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2443475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.641614021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79665773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.884105599
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4111 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.30.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.30.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.270.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.310.5
1AMEDIUM THERMAL0.342
2BMEDIUM THERMAL0.352
3CMEDIUM THERMAL0.322
4DMEDIUM THERMAL0.342
LS精密化 シェル解像度: 2.827→2.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 175 -
Rwork0.248 3440 -
all-3615 -
obs--97.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03610.5070.24812.35111.06884.6476-0.15120.23260.2451-0.63240.3224-0.131-0.08360.5205-0.17120.0997-0.07210.05520.2550.06410.238238.68456.257570.3377
20.52460.22530.1291.86381.16994.8190.0141-0.180.08-0.1425-0.03690.61020.7425-0.85940.02280.1784-0.2131-0.06060.32630.05480.321218.4438-6.421777.9657
31.94610.4206-0.67971.8035-0.65893.1961-0.04290.1870.2123-0.22490.21890.3369-0.3654-0.6146-0.17610.3594-0.0099-0.07780.16080.0280.1619-14.649127.478518.7607
43.28560.4493-0.21661.8406-0.57773.36080.0064-0.3618-0.0960.34910.0383-0.2510.10430.3373-0.04470.3229-0.0385-0.09490.0733-0.02050.11950.183118.562236.412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 480
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 480
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 480
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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