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万見
- PDB-3m4c: A Zn-mediated tetrahedral protein lattice cage encapsulating a mi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m4c
タイトルA Zn-mediated tetrahedral protein lattice cage encapsulating a microperoxidase
要素
  • Heme-Peptide Fragment
  • Soluble cytochrome b562
キーワードELECTRON TRANSPORT / Four-helix bundle / Heme / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tezcan, F.A. / Ni, T.W.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of a microperoxidase inside a metal-directed protein cage.
著者: Ni, T.W. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2010年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.32021年10月6日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
E: Heme-Peptide Fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,56024
ポリマ－47,5875
非ポリマー3,97319
水7,909439
1
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
E: Heme-Peptide Fragment
ヘテロ分子

A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
E: Heme-Peptide Fragment
ヘテロ分子

A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
E: Heme-Peptide Fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,68072
ポリマ－142,76215
非ポリマー11,91857
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area41860 Å2
ΔGint-1565 kcal/mol
Surface area54980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.892, 126.892, 167.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-284-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A1 - 106
2115B1 - 106
3115C1 - 106
4115D1 - 106

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11645.060 Da / 分子数: 4
変異: R34A, L38A, Q41W, K42S, K59H, D66W, I67C, V69I, D73H, D74A, K77H, R98C, Y101C
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: タンパク質・ペプチド Heme-Peptide Fragment / Heme-Peptide Fragment


分子量: 1007.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: tryptic cleavage product / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 458分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG 1900 MME , 0.1 M HEPES pH 7.5 , 0.2 M NaCl, 2 mM ZnCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月29日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing).
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→91.894 Å / Num. obs: 41019 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured all: 42171 / Num. unique all: 11639 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→30.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.856 / SU B: 4.724 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2936 7.2 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.19 41079 --
obs0.19 41018 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.17 Å2 / Biso mean: 24.619 Å2 / Biso min: 10.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3324 0 241 439 4004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9562.1235013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1045430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.34926.463164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90615589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.51158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21857
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2750.22489
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0880.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1120.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3821.52241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6323440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26331646
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9114.51562
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A423MEDIUM POSITIONAL0.140.5
B423MEDIUM POSITIONAL0.20.5
C423MEDIUM POSITIONAL0.20.5
D423MEDIUM POSITIONAL0.140.5
A384LOOSE POSITIONAL0.565
B384LOOSE POSITIONAL0.645
C384LOOSE POSITIONAL0.635
D384LOOSE POSITIONAL0.75
A423MEDIUM THERMAL0.462
B423MEDIUM THERMAL0.342
C423MEDIUM THERMAL0.522
D423MEDIUM THERMAL0.262
A384LOOSE THERMAL1.4310
B384LOOSE THERMAL1.1910
C384LOOSE THERMAL1.3610
D384LOOSE THERMAL0.8510
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 215 -
Rwork0.215 2777 -
all-2992 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2450.9279-1.37351.5031-0.65812.0429-0.00160.06710.0205-0.0225-0.00360.0338-0.08810.05140.0052-0.0243-0.0048-0.0181-0.07710-0.1135-68.0122.139-11.121
22.16940.01010.40821.17860.05011.80930.075-0.1743-0.12940.06890.0266-0.09240.01670.0387-0.1015-0.0639-0.01730.0271-0.06820.0001-0.0439-79.95514.66428.722
31.7139-0.36810.41484.13060.09332.11820.023-0.1008-0.02990.3175-0.0532-0.05790.07140.00270.0302-0.0795-0.0029-0.0237-0.04450.0156-0.1258-89.71451.30310.885
43.5965-0.35371.5042.3447-0.86692.4565-0.0765-0.03440.3818-0.0699-0.01250.0518-0.0092-0.12260.089-0.0017-0.01210.0477-0.05040.0001-0.0125-87.3240.54834.671
514.20110.436912.457110.84752.618630.0844-1.05910.25290.130.53640.3482-1.0433-0.40572.38270.711-0.0906-0.04750.0060.06550.01340.0557-64.81219.43723.164
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5E95 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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