PDB-3m44: Crystal structure of the mutant V201A of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m44

タイトル

Crystal structure of the mutant V201A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / mutant V201A

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
著者: Wood, B.M. / Amyes, T.L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Shabila, A. / Almo, S.C. / Richard, J.P. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2010年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月6日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m44.cif.gz	97.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m44.ent.gz	74.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m44_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m44_full_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示
XML形式データ	3m44_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	3m44_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/3m44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/3m44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lhtC 3lhuC 3lhvC 3lhwC 3lhyC 3lhzC 3li1C 3lldC 3llfC 3ltpC 3ltsC 3ltyC 3lv5C 3lv6C 3m1zC 3m41C 3m43C 3m47C 3m5xC 3m5yC 3m5zC 3g18S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m41-d 3m47-d 3m43-d 3nqa-1 4fx8-d 3g1h-1 4o8r-2 3sj3-d 1km2-2 3g1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

49.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.806, 56.787, 125.936
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24856.645 Da / 分子数: 2 / 変異: V201A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月4日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→33.76 Å / Num. all: 73236 / Num. obs: 73236 / % possible obs: 90.34 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.069

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G18

3g18

解像度: 1.4→33.76 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2383	3692	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2126	-	-	-
all	0.214	73236	-	-
obs	0.214	73236	90.34 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.914 Å² / k_sol: 0.436 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→33.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3183	0	6	240	3429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3289
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	4445
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.405	1239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	510
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	587

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.418	0.3794	79	0.3244	1391	X-RAY DIFFRACTION	48
1.418-1.4374	0.2632	85	0.3104	1619	X-RAY DIFFRACTION	56
1.4374-1.4579	0.3274	75	0.2983	1763	X-RAY DIFFRACTION	59
1.4579-1.4797	0.2881	94	0.2866	1880	X-RAY DIFFRACTION	65
1.4797-1.5028	0.3442	114	0.2823	2099	X-RAY DIFFRACTION	70
1.5028-1.5275	0.285	119	0.2513	2216	X-RAY DIFFRACTION	77
1.5275-1.5538	0.2957	149	0.2484	2442	X-RAY DIFFRACTION	84
1.5538-1.5821	0.2752	128	0.2396	2713	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5821-1.6125	0.2223	153	0.2258	2911	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6125-1.6454	0.2446	137	0.2346	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6454-1.6812	0.2977	143	0.2261	2951	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6812-1.7203	0.231	150	0.2178	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7203-1.7633	0.253	153	0.2193	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7633-1.811	0.2734	163	0.2232	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.811-1.8643	0.2771	140	0.206	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.9244	0.2164	165	0.2139	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9244-1.9932	0.2252	168	0.198	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9932-2.073	0.2308	162	0.2	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.073-2.1673	0.2186	137	0.1986	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1673-2.2816	0.2102	178	0.1917	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2816-2.4245	0.2352	164	0.2098	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4245-2.6116	0.2164	164	0.2066	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6116-2.8743	0.2211	150	0.2078	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8743-3.2899	0.2399	180	0.2097	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2899-4.1437	0.2138	171	0.1845	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1437-33.7704	0.2439	171	0.2123	3161	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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