PDB-3m43: Crystal structure of the mutant I199A of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m43

タイトル

Crystal structure of the mutant I199A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / mutant I199A

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
著者: Wood, B.M. / Amyes, T.L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Shabila, A. / Almo, S.C. / Richard, J.P. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2010年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月6日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m43.cif.gz	97.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m43.ent.gz	74.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m43_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m43_full_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示
XML形式データ	3m43_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	3m43_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/3m43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/3m43	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lhtC 3lhuC 3lhvC 3lhwC 3lhyC 3lhzC 3li1C 3lldC 3llfC 3ltpC 3ltsC 3ltyC 3lv5C 3lv6C 3m1zC 3m41C 3m44C 3m47C 3m5xC 3m5yC 3m5zC 3g18S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m47-d 3g1s-d 3wk3-1 4fx8-d 3m5z-d 4o8r-5 3nqc-d 3g1h-6 4o8r-6 3nqa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.770, 56.775, 127.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24842.617 Da / 分子数: 2 / 変異: I199A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月21日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→28.39 Å / Num. all: 96998 / Num. obs: 96998 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.076

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G18

3g18

解像度: 1.3→28.39 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2292	4854	5 %	RANDOM
R_work	0.2095	-	-	-
all	0.2105	96998	-	-
obs	0.2105	96998	95.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.587 Å² / k_sol: 0.423 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3181	0	18	257	3456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3289
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	4441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.233	1238
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3151	0.3724	93	0.3413	1909	X-RAY DIFFRACTION	60
1.3151-1.3305	0.3484	99	0.3158	2185	X-RAY DIFFRACTION	69
1.3305-1.3468	0.3315	127	0.3061	2450	X-RAY DIFFRACTION	76
1.3468-1.3638	0.3141	143	0.2994	2610	X-RAY DIFFRACTION	82
1.3638-1.3818	0.2921	136	0.2939	2828	X-RAY DIFFRACTION	88
1.3818-1.4007	0.3242	139	0.2768	2985	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4007-1.4207	0.2985	160	0.2594	3087	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4207-1.4419	0.259	184	0.2421	3113	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4419-1.4644	0.2561	183	0.2335	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4644-1.4884	0.2487	168	0.2237	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4884-1.5141	0.2518	160	0.2188	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5141-1.5416	0.2455	178	0.2127	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5416-1.5713	0.2367	164	0.2147	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5713-1.6033	0.2554	167	0.208	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6033-1.6382	0.2462	178	0.2057	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6382-1.6763	0.2182	150	0.1999	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6763-1.7182	0.26	175	0.1997	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7182-1.7647	0.2242	192	0.2102	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7647-1.8166	0.2369	169	0.2036	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8166-1.8752	0.2437	163	0.2	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8752-1.9422	0.2516	193	0.2025	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9422-2.02	0.2235	183	0.1953	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1119	0.2184	163	0.1938	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1119-2.2232	0.2291	153	0.1946	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2232-2.3624	0.2249	168	0.1973	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3624-2.5447	0.2168	183	0.2062	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5447-2.8006	0.2206	156	0.209	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8006-3.2053	0.2071	173	0.197	3304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2053-4.0365	0.1999	184	0.1851	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0365-28.3943	0.2215	170	0.2044	3446	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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