ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-3000 | | データ収集 | MLPHARE | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.6_289)精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.39→41.03 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.42 / σ(I): 3 / 位相誤差: 18.93 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2081 | 3674 | 8.45 % | random |
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Rwork | 0.1916 | - | - | - |
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obs | 0.193 | 40767 | 96.65 % | - |
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all | - | 48167 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.486 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12.733 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→41.03 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 881 | 0 | 55 | 79 | 1015 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 955 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.065 | 1276 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.916 | 319 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.074 | 137 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 165 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.3901-1.4398 | 0.31 | 274 | 0.3156 | 3025 | X-RAY DIFFRACTION | 73 | 1.4398-1.4975 | 0.2973 | 360 | 0.2809 | 3897 | X-RAY DIFFRACTION | 94 | 1.4975-1.5656 | 0.2628 | 378 | 0.2367 | 4117 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.5656-1.6482 | 0.24 | 372 | 0.215 | 4091 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.6482-1.7514 | 0.2138 | 382 | 0.1857 | 4123 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.7514-1.8867 | 0.1807 | 387 | 0.1633 | 4109 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.8867-2.0765 | 0.1654 | 385 | 0.1512 | 4091 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.0765-2.377 | 0.1861 | 375 | 0.1568 | 4141 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.377-2.9946 | 0.1849 | 380 | 0.1685 | 4096 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.9946-41.0482 | 0.2072 | 381 | 0.1971 | 4120 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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