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- PDB-3m2t: The crystal structure of dehydrogenase from Chromobacterium violaceum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m2t
タイトルThe crystal structure of dehydrogenase from Chromobacterium violaceum
要素Probable dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PSI / SGXNY / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Probable dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of dehydrogenase from Chromobacterium violaceum
著者: Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2010年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32021年10月6日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable dehydrogenase
B: Probable dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7627
ポリマ－81,1472
非ポリマー1,6155
水4,306239
1
A: Probable dehydrogenase
B: Probable dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable dehydrogenase
B: Probable dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,52414
ポリマ－162,2934
非ポリマー3,23010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area21890 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area49690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.860, 63.386, 103.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-427-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable dehydrogenase


分子量: 40573.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
遺伝子: CV_1407 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) Codon+ril / 参照: UniProt: Q7NY68
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 1.5 M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→83.05 Å / Num. obs: 41479 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 34.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 5987 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→51.814 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.61 / 位相誤差: 22.66 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2305 2096 5.06 %RANDOM
Rwork0.1827 ---
obs0.185 41420 99.92 %-
all-41479 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.094 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.1229 Å2-0 Å20 Å2
2---9.1132 Å2-0 Å2
3---19.2361 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→51.814 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5360 0 103 239 5702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0165574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6357578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6722116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35350.2831500.21662584X-RAY DIFFRACTION100
2.3535-2.41240.26751410.20742557X-RAY DIFFRACTION100
2.4124-2.47760.26741440.18542583X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.55050.23431430.18762580X-RAY DIFFRACTION100
2.5505-2.63280.20271440.18182578X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.72690.25271490.18262580X-RAY DIFFRACTION100
2.7269-2.83610.24461190.18972613X-RAY DIFFRACTION100
2.8361-2.96510.25741290.1912623X-RAY DIFFRACTION100
2.9651-3.12150.23191350.1932610X-RAY DIFFRACTION100
3.1215-3.3170.24861520.18962594X-RAY DIFFRACTION100
3.317-3.5730.22451380.17182638X-RAY DIFFRACTION100
3.573-3.93250.21261250.16322639X-RAY DIFFRACTION100
3.9325-4.50130.20171220.14922672X-RAY DIFFRACTION100
4.5013-5.670.19121520.1632664X-RAY DIFFRACTION100
5.67-51.82760.22921530.20892809X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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