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万見
- PDB-3m24: Crystal structure of TagBFP fluorescent protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m24
タイトルCrystal structure of TagBFP fluorescent protein
要素TagBFP
キーワードDE NOVO PROTEIN / Acylimine-containing blue and red chromophores / fluorescent proteins
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Subach, O.M. / Almo, S.C. / Verkhusha, V.V.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of acylimine-containing blue and red chromophores in mTagBFP and TagRFP fluorescent proteins.
著者: Subach, O.M. / Malashkevich, V.N. / Zencheck, W.D. / Morozova, K.S. / Piatkevich, K.D. / Almo, S.C. / Verkhusha, V.V.
履歴
登録2010年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TagBFP
B: TagBFP
C: TagBFP
D: TagBFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,02817
ポリマ－105,6964
非ポリマー1,33313
水8,107450
1
A: TagBFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9827
ポリマ－26,4241
非ポリマー5586
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TagBFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6703
ポリマ－26,4241
非ポリマー2462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TagBFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7064
ポリマ－26,4241
非ポリマー2823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TagBFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6703
ポリマ－26,4241
非ポリマー2462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: TagBFP
B: TagBFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,65210
ポリマ－52,8482
非ポリマー8048
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18290 Å2
手法PISA
6
C: TagBFP
D: TagBFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3767
ポリマ－52,8482
非ポリマー5285
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.953, 105.943, 137.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
TagBFP


分子量: 26423.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pBAD/HisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194
#2: 化合物
ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月17日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 65147 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 12

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.2→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 11.313 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23803 2739 5 %RANDOM
Rwork0.19328 ---
obs0.19558 51636 87.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.955 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7250 0 56 450 7756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227463
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.97510057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4665896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35124.604341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.755151291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6121532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7393.54476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.372507223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.63502987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6674.52833
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 113 -
Rwork0.214 2246 -
obs--52.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79410.5287-0.08241.1838-0.45561.2638-0.0192-0.0031-0.03190.025-0.0525-0.1335-0.0390.08840.07170.04870.0021-0.0130.00790.0030.07063.2729-38.7099-21.8172
20.69690.0901-0.04790.74060.41751.61750.0422-0.0294-0.03330.0274-0.08140.01240.1216-0.26170.03920.0502-0.0250.01460.0447-0.00580.0076-21.5112-56.1057-22.1767
31.17750.21960.28730.84260.26291.9286-0.0650.00890.0771-0.021-0.01130.10480.0058-0.22710.07630.03910.0207-0.01460.045-0.01180.0186-23.8254-51.6851-53.8496
41.4945-0.17020.43161.1366-0.12872.089-0.11020.13440.2084-0.09560.0416-0.1464-0.36150.52570.06860.0887-0.1097-0.01540.14590.02210.05443.2433-38.5556-53.8661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 229
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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