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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m21 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DmpI from Helicobacter pylori Determined to 1.9 Angstroms resolution | ||||||
要素 | Probable tautomerase HP_0924 | ||||||
キーワード | ISOMERASE / 4-oxalocrotonate tautomerase / catalytic proline / hexamer / beta-alpha-beta | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hackert, M.L. / Whitman, C.P. / Almrud, J.J. / Dasgupta, R. / Kern, A.D. / Czerwinski, R.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2010 タイトル: Kinetic and structural characterization of DmpI from Helicobacter pylori and Archaeoglobus fulgidus, two 4-oxalocrotonate tautomerase family members. 著者: Almrud, J.J. / Dasgupta, R. / Czerwinski, R.M. / Kern, A.D. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m21.cif.gz | 88.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m21.ent.gz | 68.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3m21_validation.pdf.gz | 457.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3m21_full_validation.pdf.gz | 462.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3m21_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3m21_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/3m21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/3m21 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7389.381 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: 899453, HP_0924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS 参照: UniProt: O25581, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Crystals were grown using a well solution of 25% t-butanol, 0.1M Na Citrate, pH 5.5. Protein was 20 mg/ml in 50 mM NaH2PO4, pH 7.3. 5 microliters of well solution was mixed with 5 microliters ...詳細: Crystals were grown using a well solution of 25% t-butanol, 0.1M Na Citrate, pH 5.5. Protein was 20 mg/ml in 50 mM NaH2PO4, pH 7.3. 5 microliters of well solution was mixed with 5 microliters of protein and vapor equilibrated using sitting drop, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月10日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 27541 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 22.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BJP 解像度: 1.9→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 63 / 立体化学のターゲット値: mlf
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溶媒の処理 | Bsol: 59.282 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.59 Å2 / Biso mean: 33.18 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / Rfactor Rfree: 0.335 / Rfactor Rwork: 0.281 | ||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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