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- PDB-4i5u: Crystal structure of a fungal chimeric cellobiohydrolase Cel6A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i5u
タイトルCrystal structure of a fungal chimeric cellobiohydrolase Cel6A
要素Chimeric cel6A
キーワードHYDROLASE / cellobiohydrolase / chimera protein / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
1, 4-beta cellobiohydrolase / Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily ...1, 4-beta cellobiohydrolase / Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Exoglucanase 2 / Glucanase / Exoglucanase-6A
類似検索 - 構成要素
生物種Humicola insolens (菌類)
Chaetomium thermophilum (菌類)
Trichoderma reesei (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Arnold, F.H. / Wu, I.
引用ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2013
タイトル: Engineered thermostable fungal Cel6A and Cel7A cellobiohydrolases hydrolyze cellulose efficiently at elevated temperatures.
著者: Wu, I. / Arnold, F.H.
履歴
登録2012年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimeric cel6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,97316
ポリマ－39,7401
非ポリマー1,23315
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.599, 45.414, 58.194
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-653-

HOH

21A-753-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chimeric cel6A / 1 / 4-beta-cellobiohydrolase 6A / Avicelase 2 / Beta-glucancellobiohydrolase 6A / ...1 / 4-beta-cellobiohydrolase 6A / Avicelase 2 / Beta-glucancellobiohydrolase 6A / Exocellobiohydrolase 6A / 4-beta-cellobiohydrolase / Exocellobiohydrolase II / CBHII / Exoglucanase II


分子量: 39740.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Humicola insolens (菌類), (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類), (組換発現) Trichoderma reesei (菌類)
遺伝子: avi2, cel6A, cbh2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q9C1S9, UniProt: P07987, UniProt: Q5G2D4, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)

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非ポリマー , 5種, 342分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE 90-134 ARE FROM HUMICOLA INSOLENS CEL6A. RESIDUE 135-308 AND 401-447 ARE FROM HYPOCREA ...RESIDUE 90-134 ARE FROM HUMICOLA INSOLENS CEL6A. RESIDUE 135-308 AND 401-447 ARE FROM HYPOCREA JECORINA CEL6A. RESIDUE 309-400 ARE FROM CHAETOMIUM THERMOPHILUM CEL6A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→35.308 Å / Num. all: 106851 / Num. obs: 106851 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.027 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.22-1.291.90.2153.624424126700.21571.2
1.29-1.3620.1664.730030147400.16687.7
1.36-1.4620.1156.828965141320.11589.3
1.46-1.572.10.07710.127819134790.07791.6
1.57-1.732.10.05314.325769123310.05390.9
1.73-1.932.10.03620.523921113540.03692.3
1.93-2.232.10.02427.62065598440.02490.4
2.23-2.732.10.02130.91758183350.02190.6
2.73-3.862.10.01832.71358664420.01889.6
3.86-35.3082.10.01733.1734435240.01787.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.22→35.308 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.1576 / WRfactor Rwork: 0.1424 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9289 / SU B: 0.875 / SU ML: 0.019 / SU R Cruickshank DPI: 0.0354 / SU Rfree: 0.0368 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1584 5345 5 %RANDOM
Rwork0.1426 ---
obs0.1434 106847 86.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.5 Å2 / Biso mean: 13.267 Å2 / Biso min: 3.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0 Å2-0.51 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→35.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2744 0 76 327 3147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.022995
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6141.9594100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.729358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.565389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.30624.964137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85715415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5671512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0222369
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.252 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 247 -
Rwork0.194 5063 -
all-5310 -
obs--58.99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.7107 Å / Origin y: -22.6784 Å / Origin z: 11.898 Å
111213212223313233
T0.0137 Å20.0001 Å20.0032 Å2-0.0072 Å2-0.0003 Å2--0.008 Å2
L0.223 °2-0.0228 °20.1417 °2-0.1075 °20.0139 °2--0.1197 °2
S-0.0045 Å °0.002 Å °0.0066 Å °0.0046 Å °-0.0035 Å °0.0208 Å °0.0016 Å °0.0123 Å °0.008 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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