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- PDB-3m1r: The crystal structure of formimidoylglutamase from Bacillus subti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m1r
タイトルThe crystal structure of formimidoylglutamase from Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
要素Formimidoylglutamase
キーワードHYDROLASE / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / Histidine metabolism / Manganese / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


formimidoylglutamase / formimidoylglutamase activity / putrescine biosynthetic process from arginine, using agmatinase / agmatinase activity / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
Formiminoglutamase / Ureohydrolase domain / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Formimidoylglutamase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Tan, K. / Bigelow, L. / Trevino, D. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of formimidoylglutamase from Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
著者: Tan, K. / Bigelow, L. / Buck, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formimidoylglutamase
B: Formimidoylglutamase
C: Formimidoylglutamase
D: Formimidoylglutamase
E: Formimidoylglutamase
F: Formimidoylglutamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,05252
ポリマ－214,5376
非ポリマー3,51546
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36870 Å2
ΔGint-287 kcal/mol
Surface area59310 Å2
手法PISA
2
A: Formimidoylglutamase
B: Formimidoylglutamase
C: Formimidoylglutamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,13228
ポリマ－107,2693
非ポリマー1,86425
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11950 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area35530 Å2
手法PISA
3
D: Formimidoylglutamase
E: Formimidoylglutamase
F: Formimidoylglutamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,92024
ポリマ－107,2693
非ポリマー1,65121
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12600 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area35840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.038, 118.980, 123.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Formimidoylglutamase / Formiminoglutamase / Formiminoglutamate hydrolase


分子量: 35756.176 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: str. 168 / 遺伝子: hutG, BSU39380, EE57C / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: P42068, formimidoylglutamase

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非ポリマー , 5種, 299分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Sodium cacodylate, 50% (v/v) PEG200, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月19日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→32.5 Å / Num. all: 102844 / Num. obs: 102844 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 5103 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.199→32.474 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2302 4749 5.06 %random
Rwork0.1764 ---
all0.1791 93772 --
obs0.1791 93772 88.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.229 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.8931 Å20 Å20 Å2
2--6.3292 Å2-0 Å2
3---3.564 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→32.474 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14716 0 202 253 15171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15420558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3425538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1991-2.27770.29723160.21645487X-RAY DIFFRACTION55
2.2777-2.36890.26114370.19698369X-RAY DIFFRACTION83
2.3689-2.47660.28524660.19478465X-RAY DIFFRACTION85
2.4766-2.60710.24584870.18238829X-RAY DIFFRACTION88
2.6071-2.77040.27984550.19559026X-RAY DIFFRACTION90
2.7704-2.98420.25975030.19839169X-RAY DIFFRACTION91
2.9842-3.28420.27195000.19559595X-RAY DIFFRACTION95
3.2842-3.75890.2285000.17049866X-RAY DIFFRACTION97
3.7589-4.73340.17915330.139710017X-RAY DIFFRACTION98
4.7334-32.47750.20695520.167410200X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88240.55540.10090.47220.1991.27050.2436-0.0432-0.69780.1669-0.1029-0.53210.2179-0.0027-0.15990.2039-0.0266-0.17260.09560.04770.531425.742751.259812.9868
21.66230.84230.46441.03970.04550.82630.1149-0.80780.32820.1295-0.2450.09140.0261-0.48760.14570.2273-0.06830.02470.5963-0.17250.1993-5.508671.300623.3667
31.53780.40610.5931.0258-0.03811.2093-0.13950.10920.069-0.03280.04380.0081-0.31940.18440.09710.2706-0.0794-0.05110.13490.03060.247618.171784.5333-3.9422
42.14320.2645-0.45910.82570.48381.208-0.1066-0.0587-0.71730.04560.02280.0630.2866-0.09740.07760.2044-0.05250.03590.11420.03820.4145-10.784435.0168-0.0107
51.5360.1293-0.260.7754-0.16951.25860.15080.44580.03740.0039-0.06910.1566-0.1127-0.4319-0.10030.19910.1112-0.00090.36630.05350.2-21.529368.6164-15.0863
61.8011-0.1896-0.1431.52880.06310.9895-0.06010.5361-0.1765-0.150.0356-0.3157-0.0302-0.12050.00140.1423-0.04290.09840.2849-0.12650.200810.122151.2651-28.3538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA-1 - 318
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 317
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC2 - 317
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD-2 - 318
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE2 - 317
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF3 - 318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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