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- PDB-3m1e: Crystal Structure of BenM_DBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m1e
タイトルCrystal Structure of BenM_DBD
要素HTH-type transcriptional regulator benM
キーワードTranscription regulator / wHTH / Activator / Aromatic hydrocarbons catabolism / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


catabolic process / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator BenM
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Alanazi, A. / Momany, C. / Neidle, E.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the unbound LysR-type transcriptional regulator BenM DNA binding domain
著者: Alanazi, A. / Neidle, E.L. / Momany, C.
履歴
登録2010年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9612
ポリマ－10,9381
非ポリマー231
水1,74797
1
A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9214
ポリマ－21,8752
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2540 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.360, 84.146, 68.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-189-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator benM / Ben and cat operon transcriptional regulator


分子量: 10937.559 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア)
株: ADP1 / 遺伝子: ACIAD1435, benM, benR / プラスミド: pET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O68014
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 288 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5
詳細: Equal volumes of precipitant and protein solution. Precipitant:Crystal Screen 2 # 30 - 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% PEG 6000, 5% MPD. Protein: 20 mM Tris base (pH 8.0), 0.5 M NaCl, 10% glycerol, ...詳細: Equal volumes of precipitant and protein solution. Precipitant:Crystal Screen 2 # 30 - 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% PEG 6000, 5% MPD. Protein: 20 mM Tris base (pH 8.0), 0.5 M NaCl, 10% glycerol, 150 mM imidazole, 10 mM BME, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: MAR / 日付: 2007年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.07 Å / Num. obs: 9300

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→42.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.255 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23367 437 4.8 %RANDOM
Rwork0.18547 ---
obs0.18778 8754 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.037 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数704 0 1 97 802
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9171.984994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.438592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.8423.82434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43415145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.431156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.72211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.503518
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.739106
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 32 -
Rwork0.276 577 -
obs--90.22 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.926 Å / Origin y: -11.829 Å / Origin z: 8.502 Å
111213212223313233
T0.0574 Å2-0.0017 Å2-0.0128 Å2-0.0622 Å2-0.0185 Å2--0.0282 Å2
L1.1267 °2-0.1633 °2-0.7001 °2-2.3231 °22.8307 °2--4.406 °2
S0.0026 Å °0.0005 Å °-0.0473 Å °0.018 Å °-0.0068 Å °-0.0137 Å °0.042 Å °0.0468 Å °0.0042 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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