PDB-3m0g: CRYSTAL STRUCTURE OF putative farnesyl diphosphate synthase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m0g

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putative farnesyl diphosphate synthase from Rhodobacter capsulatus

要素

Farnesyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGXRC / Isoprene biosynthesis / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

farnesyl diphosphate biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter capsulatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative farnesyl diphosphate synthase from Rhodobacter capsulatus
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m0g.cif.gz	114.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m0g.ent.gz	88.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/3m0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/3m0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lvs-d 4kkm-d 3krp-3 5ayp-d 4wk5-1 2xrz-2 3zmc-d 3zcd-d 6qoe-d 3kro-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-20032c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Farnesyl diphosphate synthase

B: Farnesyl diphosphate synthase

62.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.230, 90.680, 133.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Farnesyl diphosphate synthase 分子量: 31215.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) 遺伝子: 8272412 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q9KWR7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHORS SATE THAT THIS PDB ENTRY HAS VERIFIED SEQUENCE FOR THE NYSGXRC-20032C TARGET WHICH HAS 12 ...AUTHORS SATE THAT THIS PDB ENTRY HAS VERIFIED SEQUENCE FOR THE NYSGXRC-20032C TARGET WHICH HAS 12 MISMATCHES RELATIVE TO THE PREVIOUSLY REPORTED SEQUENCE. THE SEQUENCE IS DIFFERENT FROM UNP ENTRY Q9KWR7

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 1500, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 19.28 / 数: 310949 / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 1.12 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 90320 / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.16	50	98.1	1	0.049	1.776	3.6
4.09	5.16	97.8	1	0.051	1.839	3.5
3.58	4.09	98.3	1	0.052	1.755	3.3
3.25	3.58	98.9	1	0.057	1.556	3.4
3.02	3.25	99.2	1	0.065	1.394	3.5
2.84	3.02	99.2	1	0.074	1.289	3.5
2.7	2.84	99.2	1	0.083	1.233	3.5
2.58	2.7	99	1	0.093	1.143	3.4
2.48	2.58	99	1	0.103	1.084	3.4
2.39	2.48	99.2	1	0.111	1.041	3.4
2.32	2.39	99.1	1	0.13	0.987	3.4
2.25	2.32	99.6	1	0.138	0.934	3.4
2.19	2.25	99.2	1	0.15	0.924	3.4
2.14	2.19	99.6	1	0.176	0.869	3.4
2.09	2.14	99.3	1	0.188	0.819	3.4
2.05	2.09	99.5	1	0.219	0.78	3.5
2.01	2.05	99.3	1	0.261	0.752	3.4
1.97	2.01	99.7	1	0.306	0.732	3.5
1.93	1.97	99.8	1	0.336	0.694	3.4
1.9	1.93	99.7	1	0.402	0.726	3.5

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 90320 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 1.117 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.93	3.5	0.402	4488	0.726	1	99.7
1.93-1.97	3.4	0.336	4636	0.694	1	99.8
1.97-2.01	3.5	0.306	4460	0.732	1	99.7
2.01-2.05	3.4	0.261	4559	0.752	1	99.3
2.05-2.09	3.5	0.219	4477	0.78	1	99.5
2.09-2.14	3.4	0.188	4586	0.819	1	99.3
2.14-2.19	3.4	0.176	4488	0.869	1	99.6
2.19-2.25	3.4	0.15	4563	0.924	1	99.2
2.25-2.32	3.4	0.138	4487	0.934	1	99.6
2.32-2.39	3.4	0.13	4529	0.987	1	99.1
2.39-2.48	3.4	0.111	4526	1.041	1	99.2
2.48-2.58	3.4	0.103	4528	1.084	1	99
2.58-2.7	3.4	0.093	4482	1.143	1	99
2.7-2.84	3.5	0.083	4526	1.233	1	99.2
2.84-3.02	3.5	0.074	4495	1.289	1	99.2
3.02-3.25	3.5	0.065	4580	1.394	1	99.2
3.25-3.58	3.4	0.057	4477	1.556	1	98.9
3.58-4.09	3.3	0.052	4489	1.755	1	98.3
4.09-5.16	3.5	0.051	4437	1.839	1	97.8
5.16-50	3.6	0.049	4507	1.776	1	98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.887 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / WR_factor R_free: 0.282 / WR_factor R_work: 0.25 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.757 / SU B: 10.737 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.192 / SU R_free: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.294	2396	5 %	RANDOM
R_work	0.261	-	-	-
obs	0.262	47501	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.21 Å² / B_iso mean: 13.812 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3827	0	0	315	4142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.232	1.978	5262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.631	5	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.772	24.11	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.33	15	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.076	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.782	3.5	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.931	50	4119
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.455	50	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.869	4.5	1143

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	174	-
R_work	0.292	3262	-
all	-	3436	-
obs	-	-	99.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6057	-0.0612	-0.6737	0.2499	0.233	1.0642	-0.0283	0.1586	-0.0797	0.0185	0.0056	-0.0224	0.0823	-0.0541	0.0228	0.0444	0.0132	-0.01	0.112	-0.0229	0.0722	38.1862	40.7926	72.1328
2	0.7649	-0.0453	-0.2017	0.0844	0.2679	0.9947	0.0966	0.0383	0.0579	0.0055	-0.0095	0.0037	-0.0619	-0.0602	-0.0871	0.1065	0.0192	0.0207	0.007	0.0162	0.0929	27.1632	57.9989	94.8326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 286
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 287

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