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万見
- PDB-3m08: Wild Type Dihydrofolate Reductase from Staphylococcus aureus with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m08
タイトルWild Type Dihydrofolate Reductase from Staphylococcus aureus with inhibitor RAB1
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / folate / dhfr / antimicrobial / antibiotic resistance / NADP / One-carbon metabolism / Oxidoreductase' / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-RAR / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.014 Å
データ登録者Bourne, C.R. / Barrow, W.W.
引用
ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2010
タイトル: Inhibition of Antibiotic-Resistant Staphylococcus aureus by the Broad-Spectrum Dihydrofolate Reductase Inhibitor RAB1.
著者: Bourne, C.R. / Barrow, E.W. / Bunce, R.A. / Bourne, P.C. / Berlin, K.D. / Barrow, W.W.
#1: ジャーナル: Antimicrob.agents chemother. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of Bacillus anthracis dihydrofolate reductase with the dihydrophthalazine-based trimethoprim derivative RAB1 provides a structural explanation of potency and selectivity
著者: Bourne, C.R. / Bunce, R.A. / Bourne, P.C. / Berlin, K.D. / Barrow, E.W. / Barrow, W.W.
履歴
登録2010年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7624
ポリマ－18,4401
非ポリマー1,3223
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.180, 79.180, 107.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase / DHFR


分子量: 18440.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: folA / プラスミド: pET101d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A017, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-RAR / 5-(3,4-dimethoxy-5-{(1E)-3-oxo-3-[(1S)-1-propylphthalazin-2(1H)-yl]prop-1-en-1-yl}benzyl)pyrimidine-2,4-diamine / (S)-3-(5-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,3-dimethoxyphenyl)-1-(1-propylphthalazin-2(1H)-yl)prop-2-en-1-one


分子量: 486.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H30N6O3
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 6000, 0.15 M sodium acetate, 0.1M MES buffer, pH 6.5, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.014→42.398 Å / Num. all: 13728 / Num. obs: 13728 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.014-2.125.10.1185.8979319180.11898.7
2.12-2.255.20.0887.7958518400.08898.9
2.25-2.415.20.0699.8903317370.06999.3
2.41-2.65.20.0619.8836716140.06199.6
2.6-2.855.20.05310.6792515320.05399.8
2.85-3.185.20.03814.4718213910.038100
3.18-3.685.10.02719626912310.027100
3.68-4.550.02224.1539810730.022100
4.5-6.374.90.02122.342158630.021100
6.37-42.44.30.02213.222535290.02299.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER2.1.1位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.014→31.849 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 1366 10.06 %
Rwork0.175 --
obs0.179 13579 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.685 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 57.3 Å2 / Biso mean: 19.978 Å2 / Biso min: 4.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.782 Å20 Å20 Å2
2---0.782 Å2-0 Å2
3---1.563 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.014→31.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1290 0 90 171 1551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0341972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.591592
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.014-2.0860.2911320.1891163129596
2.086-2.170.1911290.1661152128197
2.17-2.2680.2251330.1591194132797
2.268-2.3880.2231320.1661181131398
2.388-2.5370.2111350.1651199133498
2.537-2.7330.1971360.1781224136099
2.733-3.0080.2261360.1761221135799
3.008-3.4430.2071390.17312531392100
3.443-4.3360.1861420.15512681410100
4.336-31.8530.2031520.1791358151099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52140.1513-0.01370.07040.01750.90810.0159-0.00620.11320.05760.01210.1276-0.26650.0113-0.05320.1381-0.00670.0580.0423-0.00620.1017-4.22330.7603-5.2561
20.79740.2745-0.13770.2204-0.07430.48940.1755-0.26460.29910.2792-0.1118-0.0773-0.25070.1558-0.08160.245-0.0780.02610.0743-0.03270.13796.623736.37795.171
30.65580.1083-0.2250.425-0.19750.53730.0011-0.0401-0.06670.01390.0432-0.0821-0.11690.0096-0.02020.06660.00140.02250.02320.00860.0509-3.903219.0472-3.6097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:56)A1 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 57:89)A57 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 90:161)A90 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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