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- PDB-3ly0: Crystal structure of metallo peptidase from Rhodobacter sphaeroid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ly0
タイトルCrystal structure of metallo peptidase from Rhodobacter sphaeroides liganded with phosphinate mimic of dipeptide L-Ala-D-Ala
要素Dipeptidase AC. Metallo peptidase. MEROPS family M19
キーワードHYDROLASE / Structural genomics / NYSGRC / target 9523c / metallo peptidase / phosphinate inhibitor / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane dipeptidase / metallodipeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M19 / Membrane dipeptidase (Peptidase family M19) / Renal dipeptidase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LY0 / Dipeptidase AC
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.399 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Cummings, J. / Raushel, F.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of metallo peptidase from Rhodobacter sphaeroides liganded with phosphinate mimic of dipeptide L-Ala-D-Ala
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Cummings, J. / Raushel, F.M. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidase AC. Metallo peptidase. MEROPS family M19
B: Dipeptidase AC. Metallo peptidase. MEROPS family M19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9858
ポリマ－80,3332
非ポリマー6526
水11,494638
1
A: Dipeptidase AC. Metallo peptidase. MEROPS family M19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4934
ポリマ－40,1671
非ポリマー3263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dipeptidase AC. Metallo peptidase. MEROPS family M19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4934
ポリマ－40,1671
非ポリマー3263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.649, 50.325, 81.436
Angle α, β, γ (deg.)83.65, 73.64, 67.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Dipeptidase AC. Metallo peptidase. MEROPS family M19


分子量: 40166.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RHOS4_24130, RSP_0802 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3IZQ3
#2: 化合物 ChemComp-LY0 / (2R)-3-[(R)-[(1R)-1-aminoethyl](hydroxy)phosphoryl]-2-methylpropanoic acid


分子量: 195.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14NO4P
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1M Tric-HCl, 0.2M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月19日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38.9 Å / Num. all: 123178 / Num. obs: 123178 / % possible obs: 95.02 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FDG

3fdg


解像度: 1.399→33.129 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 6191 5.03 %
Rwork0.1693 --
obs0.1704 123178 95.02 %
all-123178 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.144 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9267 Å2-1.4824 Å2-1.1529 Å2
2--2.1484 Å22.3402 Å2
3----3.0751 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.399→33.129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5440 0 28 638 6106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1127599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3622075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3995-1.41540.27261790.26173710X-RAY DIFFRACTION89
1.4154-1.4320.2762090.24893768X-RAY DIFFRACTION93
1.432-1.44950.24891890.23673860X-RAY DIFFRACTION94
1.4495-1.46780.23752300.22193833X-RAY DIFFRACTION94
1.4678-1.48710.22621780.20993877X-RAY DIFFRACTION94
1.4871-1.50750.22052320.19713876X-RAY DIFFRACTION94
1.5075-1.52910.19782170.18493825X-RAY DIFFRACTION94
1.5291-1.55190.19032000.18353889X-RAY DIFFRACTION95
1.5519-1.57610.19832000.17073902X-RAY DIFFRACTION94
1.5761-1.6020.20352420.17423855X-RAY DIFFRACTION95
1.602-1.62960.19662190.16313896X-RAY DIFFRACTION95
1.6296-1.65920.19511940.15563918X-RAY DIFFRACTION95
1.6592-1.69110.19851960.15283925X-RAY DIFFRACTION96
1.6911-1.72570.18832240.15813954X-RAY DIFFRACTION96
1.7257-1.76320.18532010.15273861X-RAY DIFFRACTION96
1.7632-1.80420.18252190.15563964X-RAY DIFFRACTION96
1.8042-1.84930.1872120.14943929X-RAY DIFFRACTION96
1.8493-1.89930.18361970.15823935X-RAY DIFFRACTION96
1.8993-1.95520.1992000.15233970X-RAY DIFFRACTION97
1.9552-2.01830.17331980.15284005X-RAY DIFFRACTION96
2.0183-2.09040.17631990.15343997X-RAY DIFFRACTION97
2.0904-2.17410.17592000.15183949X-RAY DIFFRACTION97
2.1741-2.2730.1682110.15453983X-RAY DIFFRACTION96
2.273-2.39280.19451940.16193967X-RAY DIFFRACTION96
2.3928-2.54270.19612070.16683920X-RAY DIFFRACTION96
2.5427-2.73890.20152000.16763951X-RAY DIFFRACTION96
2.7389-3.01440.19472120.17673948X-RAY DIFFRACTION96
3.0144-3.45020.18412410.16243892X-RAY DIFFRACTION96
3.4502-4.34530.16812110.14653938X-RAY DIFFRACTION95
4.3453-33.1380.16851800.1693690X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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