PDB-3lxq: The Crystal Structure of a Protein in the Alkaline Phosphatase Su...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lxq

タイトル

The Crystal Structure of a Protein in the Alkaline Phosphatase Superfamily from Vibrio parahaemolyticus to 1.95A

要素

Uncharacterized protein VP1736

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Alkaline / phosphatase / MdoB / sulfatase / Vibrio / parahaemolyticus / PSI / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Weger, A. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a Protein in the Alkaline Phosphatase Superfamily from Vibrio parahaemolyticus to 1.95A
著者: Stein, A.J. / Weger, A. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lxq.cif.gz	340.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lxq.ent.gz	291.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lxq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lxq_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lxq_full_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示
XML形式データ	3lxq_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	3lxq_validation.cif.gz	45.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lxq	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2ybu-2 4l4p-d 6r6a-d 6hsj-1 5y1g-d 6a6q-d 6daz-d 3e88-1 3nj3-1 1ti7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC91208.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein VP1736

B: Uncharacterized protein VP1736

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein VP1736

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein VP1736

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.603, 164.521, 50.929
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.340, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized protein VP1736 分子量: 51491.371 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 200-649 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pMCSG7 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP1736 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87NY2
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 8000, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 55351 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Χ²: 1.939 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.95-2.02	3.1	0.481	5452	1.016	98.1
2.02-2.1	3.1	0.377	5478	1.021	98.2
2.1-2.2	3.1	0.288	5469	1.054	98.2
2.2-2.31	3.1	0.22	5538	1.136	98.6
2.31-2.46	3.1	0.185	5523	1.265	99.1
2.46-2.65	3.1	0.149	5554	1.477	99.1
2.65-2.91	3.1	0.119	5579	1.81	99.9
2.91-3.33	3.1	0.097	5560	2.456	99.7
3.33-4.2	3.1	0.081	5608	3.101	99.8
4.2-50	3.1	0.084	5590	5.022	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.95→40.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 11.36 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	2813	5.1 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.2	55308	98.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.989 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6402	0	2	268	6672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.274	1.952	8908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.879	5	821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.208	24.7	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.288	15	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.524	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.45	1.5	4078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.761	2	6556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.639	3	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.235	4.5	2349

LS精密化シェル

解像度: 1.949→1.999 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	179	-
R_work	0.27	3799	-
all	-	3978	-
obs	-	-	96.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	22.3986	12.0834	-6.1744	13.8955	-1.8186	2.2279	-0.5455	1.6895	-0.3508	-0.7573	0.847	-0.873	-0.3674	-0.4329	-0.3015	1.0053	-0.1255	0.0106	0.4697	0.0015	0.5735	-5.7803	52.2751	-31.9598
2	6.033	-3.7602	0.7945	8.3513	-3.5126	2.156	0.037	0.5513	0.3182	-1.1048	0.1599	-0.1437	0.2664	0.0973	-0.197	0.4863	-0.1541	0.0932	0.3164	0.0076	0.3222	4.7351	61.9824	-22.8999
3	1.648	0.5268	0.7888	5.169	-0.2162	2.9289	0.0784	0.2008	-0.0667	0.0561	0.0329	-1.0118	-0.0886	0.5428	-0.1113	0.2435	-0.0098	-0.0569	0.2512	-0.0708	0.4225	12.4717	50.9445	-10.772
4	5.9891	-2.1946	1.4086	3.6413	1.6788	2.0652	0.1857	-0.4481	0.4944	0.8493	-0.2812	-0.0984	0.633	-0.4064	0.0955	1.0563	-0.1764	0.0853	0.472	0.1137	0.3514	-5.7542	42.4166	5.9492
5	17.7187	-0.3301	9.0676	3.2971	0.0692	4.6908	0.224	-0.9196	-0.4055	0.7208	0.139	-0.2769	0.1537	-0.5234	-0.363	0.561	-0.0213	0.0021	0.2714	0.1369	0.4233	0.83	51.7534	2.2815
6	3.2371	1.3115	-0.7516	3.8859	-0.9564	5.0217	0.0851	0.1511	-0.3058	0.0586	0.2372	-0.148	0.1019	-0.0291	-0.3223	0.0894	-0.0154	-0.054	0.1743	-0.0312	0.2877	0.932	43.6977	-15.1269
7	5.887	-0.2402	0.7119	5.5293	0.6611	1.8087	0.1551	0.5642	-0.3258	-0.6727	0.1152	-0.6855	0.3171	0.1277	-0.2703	0.2576	-0.0497	0.0605	0.2666	-0.0736	0.3716	7.6458	41.5725	-22.3351
8	0.0635	-0.0266	0.4246	2.3416	0.6147	3.1952	0.0931	0.0448	0.0125	0.0481	0.228	-1.3092	0.6409	0.2573	-0.3211	0.3045	0.0678	-0.1342	0.3133	-0.1257	0.833	13.266	34.6762	-13.5111
9	1.1969	1.0718	-2.5697	8.4206	-5.4392	7.4865	-0.0519	-0.2345	-0.0722	-0.1925	0.0221	-1.0015	0.8419	0.4063	0.0298	0.6811	0.0519	-0.4262	0.2451	-0.0393	0.7803	12.2669	26.2612	-6.6513
10	2.7448	1.1199	0.0593	2.2384	0.009	2.6553	0.2413	0.1468	-0.2544	0.5432	0.0299	-0.5427	0.5125	0.3154	-0.2712	0.5028	0.0066	-0.2527	0.2352	0.0038	0.4677	8.9825	31.3594	-1.9201
11	8.7209	-0.7413	4.4685	8.2252	-0.1789	4.1917	0.3045	-0.2647	-0.3974	0.8948	-0.081	0.1398	0.5643	-0.3099	-0.2235	0.9216	-0.2066	0.0552	0.3465	0.0896	0.4487	-9.0174	27.1867	6.5004
12	7.8632	2.6502	1.3403	1.1368	1.0976	2.9484	0.3457	-0.2638	0.2132	0.534	-0.1139	-0.031	0.6888	0.0271	-0.2318	0.9551	-0.1067	-0.25	0.236	0.0714	0.3845	3.9163	34.9176	6.9829
13	8.1303	0.716	3.4268	4.1043	0.4329	4.4907	0.5446	-0.0501	-0.2346	0.537	-0.1407	0.0311	0.5569	-0.2786	-0.4039	0.2913	-0.0336	0.0028	0.1744	0.0329	0.2482	-1.5961	43.0627	-5.995
14	0.4903	0.5876	-0.8797	1.7702	-0.853	1.6234	0.2251	-0.1032	0.0125	0.992	-0.0824	-0.4452	-0.2876	0.1682	-0.1426	0.6436	-0.0674	-0.2055	0.242	-0.0363	0.4034	5.8667	52.0558	-2.4148
15	3.1271	2.0548	1.5519	4.1632	0.4659	2.148	0.0069	0.126	-0.1103	0.064	0.1074	0.0097	-0.0954	-0.1171	-0.1143	0.2206	-0.0111	0.015	0.273	0.0249	0.2529	0.9262	55.7132	-13.5126
16	5.2824	-1.1048	1.0862	6.6781	-2.8174	1.2656	0.0503	0.1807	0.1716	0.3753	0.4141	1.2793	-0.1582	-0.1539	-0.4644	0.2317	0.0713	-0.0194	0.3493	0.101	0.5314	-12.41	56.2932	-17.8479
17	7.2053	2.5327	3.2945	3.8384	2.9146	2.5615	0.142	-0.8353	0.409	-0.408	-1.3003	2.018	-0.1777	-0.9942	1.1584	0.5466	0.206	-0.1797	1.0216	-0.1922	1.5132	-16.7312	56.3049	-17.3586
18	2.0611	1.2243	1.822	22.1454	-27.6052	46.4528	-0.2426	-0.8391	0.6878	-0.4378	0.6785	2.3342	-0.5985	-1.8713	-0.4359	0.4334	0.2747	0.0013	0.6389	0.1059	1.0288	-17.1255	59.3141	-11.8732
19	4.7239	0.8976	-2.4811	4.9831	3.2637	4.2353	-0.2095	0.5119	0.5687	-0.8989	0.3177	0.3915	-0.5944	-0.1938	-0.1082	0.4644	0.0096	-0.0811	0.3597	0.114	0.2616	-4.8397	58.0382	-23.8182
20	3.8585	-1.9088	-3.1888	7.714	-1.2002	4.6616	-0.1497	0.3408	0.0309	-1.066	0.2464	-0.224	0.416	0.1981	-0.0967	0.4657	-0.1658	0.1183	0.5405	-0.1018	0.347	8.516	48.733	-28.2724
21	1.3173	-2.4376	-2.6529	4.5946	5.1127	5.8694	0.2115	-0.1119	0.4812	-0.1836	0.4202	-0.7859	0.0481	0.5801	-0.6317	0.4657	0.1345	0.1616	0.6196	0.1075	0.6531	10.2625	-3.8075	-3.7333
22	1.7965	0.1639	-0.2861	3.3022	-0.6149	4.4625	-0.1735	0.0526	-0.4096	-0.3685	-0.1521	-0.401	0.5679	0.729	0.3256	0.2799	0.168	0.0915	0.4141	0.0713	0.2733	6.6543	-11.0782	-18.9136
23	4.8563	-1.8156	5.6274	2.0771	-1.5307	9.6714	-0.0738	0.3306	0.0793	-0.3128	-0.0055	-0.2183	0.1761	0.6445	0.0794	0.2597	0.0786	0.1231	0.2551	0.0023	0.2175	1.478	-8.0553	-28.5442
24	1.95	-0.7414	-1.0613	1.4255	0.2865	4.1631	-0.0991	0.0566	-0.0503	0.0388	-0.0795	0.217	-0.1259	-0.2578	0.1786	0.0968	-0.0117	-0.014	0.1958	0.0013	0.1779	-16.2945	8.4202	-23.8
25	12.169	-5.455	17.4018	2.5095	-8.5081	33.6497	-0.1003	-0.5027	-0.0195	0.1231	0.2518	0.0794	-1.0642	-0.784	-0.1515	0.1312	-0.0884	0.0071	0.2801	-0.0038	0.5002	-19.7354	0.7975	-25.4447
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27	2.6569	-2.0211	-0.3808	4.1114	2.2378	4.9723	-0.0372	-0.0204	0.1566	0.0946	-0.1174	-0.2468	-0.2134	0.5506	0.1547	0.0702	-0.0586	0.0197	0.2846	0.0436	0.1777	1.8135	7.3817	-15.5953
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29	3.097	-2.8791	-1.6367	6.3032	3.5747	6.0875	0.0402	0.0383	0.2974	-0.0933	0.0558	-0.6797	-0.2153	0.5428	-0.096	0.1088	-0.093	0.0369	0.3117	0.0575	0.1656	1.265	12.823	-31.7523
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34	1.5263	-0.21	1.122	2.7014	-0.357	7.8683	-0.0903	-0.0193	0.0105	0.0466	-0.0683	0.1481	-0.1778	-0.3107	0.1587	0.0184	-0.0105	0.0371	0.194	-0.0077	0.1676	-13.3775	4.7213	-15.5205
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36	8.0216	4.1646	1.437	11.4434	4.4893	6.7762	0.1199	0.1199	-0.3202	0.0931	-0.1198	-0.2362	0.5372	0.1328	0	0.2383	0.0504	0.0282	0.2446	0.0446	0.1487	-8.8191	-9.1154	-13.0633
37	2.6658	0.4181	0.765	3.0534	-1.3829	6.2355	0.074	-0.2223	-0.1084	0.5655	-0.1544	-0.2586	0.0995	0.4054	0.0804	0.1572	0.0249	0.0117	0.2837	0.0111	0.17	-3.7309	-0.9911	-2.2239
38	15.0546	-12.105	8.5282	10.2144	-8.61	11.2782	-0.2158	-0.2883	-0.1456	0.1647	0.2508	0.0914	-0.1185	-0.4103	-0.035	0.0941	-0.0376	0.1297	0.3345	0.0155	0.1984	-16.4923	-2.9365	-2.3037
39	14.4742	-3.1898	-1.6714	6.8613	0.6949	5.3372	-0.0921	-0.4499	-0.4344	0.1342	-0.066	0.101	0.2886	0.0935	0.1581	0.2788	-0.0095	0.0099	0.2875	0.0584	0.1127	-7.1604	-10.0921	2.1189
40	2.1435	2.3883	-2.7582	5.4874	-2.2411	5.1619	0.0442	-0.12	-0.1866	0.101	-0.1832	-0.4961	0.0691	0.8726	0.1391	0.0373	0.0574	0.014	0.4593	0.0505	0.2434	8.6384	-1.8187	-12.1231

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	239 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	250 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	265 - 297
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	298 - 316
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	317 - 325
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	326 - 344
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	345 - 367
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	368 - 394
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	395 - 412
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	413 - 455
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	456 - 470
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	471 - 492
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	493 - 520
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	521 - 554
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	555 - 589
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	590 - 599
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	600 - 608
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	609 - 621
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	622 - 634
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	635 - 647
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	239 - 252
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	253 - 270
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	271 - 280
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	281 - 315
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	316 - 322
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	323 - 332
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	333 - 349
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	350 - 366
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	367 - 384
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	385 - 403
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	404 - 456
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	457 - 470
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	471 - 509
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	510 - 532
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	533 - 569
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	570 - 579
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	580 - 603
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	604 - 613
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	614 - 624
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	625 - 645

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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