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- PDB-3lx5: Crystal structure of mGMPPNP-bound NFeoB from S. thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lx5
タイトルCrystal structure of mGMPPNP-bound NFeoB from S. thermophilus
要素Ferrous iron uptake transporter protein B
キーワードMETAL TRANSPORT / G protein / iron transport / GTP-binding / GTPase / transmembrane / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1770 / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain ...Helix Hairpins - #1770 / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / GTP binding domain / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGO / Ferrous iron transport protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ash, M.R. / Guilfoyle, A. / Maher, M.J. / Clarke, R.J. / Guss, J.M. / Jormakka, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Potassium-activated GTPase reaction in the G Protein-coupled ferrous iron transporter B.
著者: Ash, M.R. / Guilfoyle, A. / Clarke, R.J. / Guss, J.M. / Maher, M.J. / Jormakka, M.
履歴
登録2010年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron uptake transporter protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9734
ポリマ－30,2031
非ポリマー7703
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.1, 82.2, 148.8
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Ferrous iron uptake transporter protein B


分子量: 30203.150 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMG 18311 / 遺伝子: feoB, stu0608 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5M586
#2: 化合物 ChemComp-AGO / 2-amino-9-(5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-3-O-{[2-(methylamino)phenyl]carbonyl}-beta-D-erythro-pentofuranosyl-2-ulose)-1,9-dihydro-6H-purin-6-one


分子量: 653.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N7O14P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 % / Mosaicity: 0.679 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.02M Malic acid, 0.04M MES, 0.04M Tris, 25% (w/v) PEG 1500, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5412 Å
検出器タイプ: MAR 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月24日 / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5412 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 23847 / Num. obs: 23847 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.204 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1026 / Χ2: 1.063 / % possible all: 85.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0063精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HYR

3hyr


解像度: 1.9→23.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 6.497 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1209 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 23665 98 %-
all-23665 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48 Å2 / Biso mean: 18.057 Å2 / Biso min: 4.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å20 Å2
2--2.05 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2027 0 49 112 2188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.9912965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1845273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26225.248101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.69415378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8911513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.48621337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13532185
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2542.5834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2393.5780
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 77 -
Rwork0.254 1426 -
all-1503 -
obs-1503 87.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4606-0.0829-0.97491.38620.15251.72550.0409-0.07770.1985-0.00290.02530.0004-0.0354-0.0062-0.06610.04140.01010.01050.0242-0.01210.02118.19722.28921.802
22.0654-0.15-0.2062.77811.40042.02090.0629-0.14190.12520.0434-0.008-0.01220.00230.0533-0.0550.0435-0.00760.02340.0414-0.01440.035727.91512.71813.323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2A167 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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