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- PDB-3lx4: Stepwise [FeFe]-hydrogenase H-cluster assembly revealed in the st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lx4
タイトルStepwise [FeFe]-hydrogenase H-cluster assembly revealed in the structure of HydA(deltaEFG)
要素Fe-hydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / HydA / Hydrogen / H-cluster / [4Fe-4S] cluster / Iron-sulfur cluster / Insertion / Biosynthesis / Maturation / Intermediate / Evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


1.18.99.1 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #1780 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain ...Rossmann fold - #1780 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Fe-hydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Mulder, D.W. / Boyd, E.S. / Sarma, R. / Lange, R.K. / Endrizzi, J.A. / Broderick, J.B. / Peters, J.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Stepwise [FeFe]-hydrogenase H-cluster assembly revealed in the structure of HydA(DeltaEFG).
著者: Mulder, D.W. / Boyd, E.S. / Sarma, R. / Lange, R.K. / Endrizzi, J.A. / Broderick, J.B. / Peters, J.W.
履歴
登録2010年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fe-hydrogenase
B: Fe-hydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6248
ポリマ－98,7322
非ポリマー8926
水13,962775
1
A: Fe-hydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8124
ポリマ－49,3661
非ポリマー4463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fe-hydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8124
ポリマ－49,3661
非ポリマー4463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.895, 70.895, 155.429
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUALAALAAA25 - 11525 - 115
21LEULEUALAALABB25 - 11525 - 115
12GLUGLUASPASPAA121 - 200121 - 200
22GLUGLUASPASPBB121 - 200121 - 200
13LEULEUALAALAAA205 - 311205 - 311
23LEULEUALAALABB205 - 311205 - 311
14GLYGLYVALVALAA323 - 450323 - 450
24GLYGLYVALVALBB323 - 450323 - 450

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要素

#1: タンパク質 Fe-hydrogenase / Iron hydrogenase / Iron-hydrogenase HydA1


分子量: 49366.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLREDRAFT_183963, hyd1, hydA, hydA1 / プラスミド: pET Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FYU1, 1.18.99.1
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: capillary batch diffusion / pH: 6.5
詳細: 25.5% PEG 8000, 0.085 M sodium cacodylate, 0.17 M sodium acetate trihydrate, 1 mM dithionite, pH 6.5, capillary batch diffusion, temperature 298.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 60782 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 %
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 10553 / Rsym value: 0.409 / % possible all: 97.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å29.25 Å
Translation3.5 Å29.25 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FEH

1feh


解像度: 1.97→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.215 / WRfactor Rwork: 0.173 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.859 / SU B: 3.432 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.166 / SU Rfree: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 3074 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.173 57708 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.43 Å2 / Biso mean: 26.922 Å2 / Biso min: 3.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å2-0.58 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3---1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6166 0 26 775 6967
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9241.9898606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7545822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.18224.048252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.038151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5821540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.32980
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.54324
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.5968
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1280.346
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.154154168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.056206488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.288252432
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.824402086
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3088 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.090.5
BMEDIUM THERMAL0.392
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.016 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 204 -
Rwork0.22 4125 -
all-4329 -
obs--95.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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