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- PDB-3lws: Crystal structure of Putative aromatic amino acid beta-eliminatin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lws
タイトルCrystal structure of Putative aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase. (YP_001813866.1) from Exiguobacterium sp. 255-15 at 2.00 A resolution
要素Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase
キーワードLYASE / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Pyridoxal phosphate / glycine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine biosynthetic process / L-allo-threonine aldolase activity / L-threonine catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Exiguobacterium sibiricum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase. (YP_001813866.1) from Exiguobacterium sp. 255-15 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase
B: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase
C: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase
D: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase
E: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase
F: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,7586
ポリマ－241,7586
非ポリマー00
水23,9241328
1
A: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase
B: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5862
ポリマ－80,5862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area26640 Å2
手法PISA
2
C: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase
D: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5862
ポリマ－80,5862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
3
E: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase
F: Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5862
ポリマ－80,5862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.150, 142.150, 102.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A3 - 355
2112B3 - 355
3112C3 - 355
4112D3 - 355
5112E3 - 355
6112F3 - 355
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND LIGHT SCATTERING SPECTROSCOPY SUPPORTS ASSIGNMENT OF A DIMER AS BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIC STATE.

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要素

#1: タンパク質
Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase


分子量: 40293.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Exiguobacterium sibiricum (バクテリア)
株: DSM 17290 / JCM 13490 / 255-15 / 遺伝子: Exig_1379 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: B1YFH3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.5
詳細: 0.2000M Mg(oAc)2, 20.0000% PEG-8000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97874
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月6日 / 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97874 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.537
11K, H, -L20.463
反射解像度: 2→46.53 Å / Num. obs: 156755 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 24.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 9.92
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→46.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU B: 3.669 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. THE STRUCTURE WAS PHASED AND TRACED IN APPARENT SPACE GROUP P3121 AND REFINED IN P31 DUE TO TWINNING. TWINNING FACTOR WAS REFINED TO 0.46 FOR TWINNING OPERATOR (K, H, -L). FREE REFLECTIONS WERE EXPANDED BY THE TWIN LAW. 4. PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP) IS COVALENTLY ATTACHED TO LYSINE 205 VIA A SCHIFF-BASE LINKAGE AND IS MODELED AS LLP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 7779 5 %RANDOM + TWIN LAW
Rwork0.144 ---
obs0.146 156744 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.73 Å20 Å20 Å2
2--3.73 Å20 Å2
3----7.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16931 0 0 1339 18270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02217341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.96723560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.029328345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70752199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69923.962848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75152842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.01915118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02119710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.164310649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6334402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.955517053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.72486692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.477116469
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2028tight positional0.190.3
2B2028tight positional0.230.3
3C2028tight positional0.20.3
4D2028tight positional0.260.3
5E2028tight positional0.220.3
6F2028tight positional0.20.3
1A2413medium positional0.290.6
2B2413medium positional0.310.6
3C2413medium positional0.310.6
4D2413medium positional0.310.6
5E2413medium positional0.310.6
6F2413medium positional0.320.6
1A2028tight thermal0.40.75
2B2028tight thermal0.380.75
3C2028tight thermal0.360.75
4D2028tight thermal0.440.75
5E2028tight thermal0.380.75
6F2028tight thermal0.440.75
1A2413medium thermal0.321.5
2B2413medium thermal0.311.5
3C2413medium thermal0.321.5
4D2413medium thermal0.351.5
5E2413medium thermal0.31.5
6F2413medium thermal0.341.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 533 -
Rwork0.162 10895 -
obs--98.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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