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万見
- PDB-3lvz: New refinement of the crystal structure of BJP-1, a subclass B3 m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lvz
タイトルNew refinement of the crystal structure of BJP-1, a subclass B3 metallo-beta-lactamase of Bradyrhizobium japonicum
要素Blr6230 protein
キーワードHYDROLASE / class B3 metallo-beta-lactamase / beta-lactam hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Docquier, J.D. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Stoczko, M. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2010
タイトル: High-resolution crystal structure of the subclass B3 metallo-beta-lactamase BJP-1: rational basis for substrate specificity and interaction with sulfonamides.
著者: Docquier, J.D. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Stoczko, M. / Menciassi, N. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
履歴
登録2010年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blr6230 protein
B: Blr6230 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3588
ポリマ－63,9652
非ポリマー3926
水8,683482
1
A: Blr6230 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1794
ポリマ－31,9831
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Blr6230 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1794
ポリマ－31,9831
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.501, 44.773, 76.966
Angle α, β, γ (deg.)78.92, 89.51, 61.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Blr6230 protein / subclass B3 metallo-beta-lactamase


分子量: 31982.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 株: USDA 100 / 遺伝子: blr6230, Bradyrhizobium / プラスミド: pET-9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: Q89GW5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30-35% PEG 4000, 0.5M sodium acetate, 5mM ZnCl2 pH 8.0-8.5, 0.1M TrisHCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.2813 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2813 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38.58 Å / Num. all: 87611 / Num. obs: 87611 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 10821 / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19348 8006 9.1 %RANDOM
Rwork0.16217 ---
obs0.16503 79602 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.068 Å0.065 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→32.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4109 0 6 482 4597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224266
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2041.9725804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09337004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15224.824170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.12415717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.991516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0214789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2731.52735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4461.51118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04624393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.99331531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6274.51401
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 434 -
Rwork0.341 4237 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6926-0.3266-0.18240.75880.28260.6242-0.012-0.08250.0039-0.01340.0357-0.0059-0.02780.0523-0.02370.00370.0012-0.00080.0126-0.0030.003-0.35591.43630.4558
20.92410.1871-0.12770.5225-0.13320.6076-0.0070.0815-0.00610.00570.03790.0214-0.0077-0.0278-0.0310.0045-0.0029-0.0030.01030.00270.00949.6977-14.6764-36.6101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 294
2X-RAY DIFFRACTION2B22 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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