PDB-3lvz: New refinement of the crystal structure of BJP-1, a subclass B3 m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lvz

タイトル

New refinement of the crystal structure of BJP-1, a subclass B3 metallo-beta-lactamase of Bradyrhizobium japonicum

要素

Blr6230 protein

キーワード

HYDROLASE / class B3 metallo-beta-lactamase / beta-lactam hydrolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Docquier, J.D. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Stoczko, M. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2010
タイトル: High-resolution crystal structure of the subclass B3 metallo-beta-lactamase BJP-1: rational basis for substrate specificity and interaction with sulfonamides.
著者: Docquier, J.D. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Stoczko, M. / Menciassi, N. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.

履歴

登録	2010年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lvz.cif.gz	124 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lvz.ent.gz	100.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lvz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lvz_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lvz_full_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示
XML形式データ	3lvz_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	3lvz_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/3lvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/3lvz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5wcmC 1k07 2gmn 2h6a C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wcm-1 5wcm-2 5njw-2 3n36-d 5njw-1 5ngg-1 5ngg-2 1qny-d 1enr-d 1agj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Blr6230 protein

B: Blr6230 protein

ヘテロ分子

64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Blr6230 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Blr6230 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.501, 44.773, 76.966
Angle α, β, γ (deg.)	78.92, 89.51, 61.91
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Blr6230 protein / subclass B3 metallo-beta-lactamase 分子量: 31982.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 株: USDA 100 / 遺伝子: blr6230, Bradyrhizobium / プラスミド: pET-9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: Q89GW5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30-35% PEG 4000, 0.5M sodium acetate, 5mM ZnCl2 pH 8.0-8.5, 0.1M TrisHCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.2813 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2813 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→38.58 Å / Num. all: 87611 / Num. obs: 87611 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 10821 / % possible all: 77.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.4→32.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19348	8006	9.1 %	RANDOM
R_work	0.16217	-	-	-
obs	0.16503	79602	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.088 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.068 Å	0.065 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→32.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4109	0	6	482	4597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.022	4266
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.204	1.972	5804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.093	3	7004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.9	5	563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.152	24.824	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.124	15	717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.99	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	4789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.273	1.5	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.446	1.5	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.046	2	4393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.993	3	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.627	4.5	1401

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	434	-
R_work	0.341	4237	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6926	-0.3266	-0.1824	0.7588	0.2826	0.6242	-0.012	-0.0825	0.0039	-0.0134	0.0357	-0.0059	-0.0278	0.0523	-0.0237	0.0037	0.0012	-0.0008	0.0126	-0.003	0.003	-0.3559	1.4363	0.4558
2	0.9241	0.1871	-0.1277	0.5225	-0.1332	0.6076	-0.007	0.0815	-0.0061	0.0057	0.0379	0.0214	-0.0077	-0.0278	-0.031	0.0045	-0.0029	-0.003	0.0103	0.0027	0.0094	9.6977	-14.6764	-36.6101

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 294
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	22 - 294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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