PDB-3lvf: Crystal Structure of holo Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lvf

タイトル

Crystal Structure of holo Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 (GAPDH1) from methicillin resistant Staphylococcus aureus MRSA252 at 1.7 Angstrom resolution

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Glycolysis / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Mukherjee, S. / Dutta, D. / Saha, B. / Das, A.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase 1 from Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus MRSA252 Provides Novel Insights into Substrate Binding and Catalytic Mechanism.
著者: Mukherjee, S. / Dutta, D. / Saha, B. / Das, A.K.

履歴

登録	2010年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lvf.cif.gz	275.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lvf.ent.gz	222.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lvf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/3lvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/3lvf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hq4C 3k73C 3k9qC 3ksdC 3kszC 3kv3C 3l4sC 3l6oC 3lc1C 3lc2C 3lc7C 1hdgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l4s-d 6iq6-2 3ksd-d 3lc1-d 3kv3-d 5y37-d 1j0x-d 7jwk-d 3lc7-d 6ynh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.180, 104.874, 91.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 / GAPDH 1 分子量: 36464.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / 遺伝子: gap, gap1, gapA, gapA1, SAR0828 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 参照: UniProt: Q6GIL8, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.23 % / Mosaicity: 1.319 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH8.5, 20% (w/v)PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月14日 / 詳細: Varimax mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→30.78 Å / Num. obs: 126584 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.52 % / B_iso Wilson estimate: 38.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.059 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 448834 / Scaling rejects: 3367

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.7-1.76	3.36	0.43	2.4	42059	12506	1.15	93.6
1.76-1.83	3.45	0.374	2.7	42913	12433	1.11	93.2
1.83-1.91	3.46	0.311	3.1	42774	12341	1.1	92.4
1.91-2.02	3.48	0.235	3.8	42733	12288	1.06	91.9
2.02-2.14	3.51	0.171	4.9	42706	12153	1.03	90.9
2.14-2.31	3.52	0.127	6.3	42968	12153	0.99	91.2
2.31-2.54	3.5	0.101	8.2	44347	12613	0.97	93.9
2.54-2.91	3.55	0.074	10.5	47407	13245	0.88	98.9
2.91-3.66	3.68	0.048	16.1	49978	13407	0.83	99.8
3.66-30.78	3.64	0.035	25.2	50949	13445	0.87	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.8L	データスケーリング
REFMAC	5.5.0095	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
StructureStudio		データ収集
d*TREK		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HDG

1hdg

解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.23 / WR_factor R_work: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.845 / SU B: 5.673 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / SU R_free: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	6358	5 %	RANDOM
R_work	0.189	120156	-	-
obs	0.19	126514	94.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.6 Å² / B_iso mean: 39.013 Å² / B_iso min: 21.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	176	671	10999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	10544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.04	1.979	14333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.406	5	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.576	25.398	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.685	15	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.274	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.317	1.5	6656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.658	2.5	10713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.844	5	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.23	10	3610

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	469	-
R_work	0.291	8698	-
all	-	9167	-
obs	-	-	93.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5449	0.0547	-0.0651	0.4468	-0.0972	0.8161	-0.0086	0.0824	-0.0224	-0.0508	-0.0101	0.0864	0.0985	-0.0817	0.0187	0.0248	-0.0049	-0.014	0.0213	-0.0132	0.0349	-8.0399	0.0807	3.1221
2	0.2936	-0.0033	-0.0565	0.5314	-0.1884	0.6411	0.0056	-0.0543	0.0639	0.0699	0.0107	0.0677	-0.0535	-0.0331	-0.0163	0.014	-0.0016	0.0122	0.0193	-0.0193	0.0346	-3.6308	20.727	35.4682
3	0.4179	0.1053	0.006	0.3706	0.1398	0.5444	0.0051	0.025	0.0507	-0.0209	0.019	-0.0698	-0.0398	0.0977	-0.024	0.009	-0.0006	0.0095	0.027	0.0081	0.0324	26.4752	15.4826	8.6545
4	0.5255	-0.1968	0.215	0.5371	0.0182	1.2971	0.0479	-0.0543	-0.103	0.0617	-0.0099	-0.0129	0.2939	0.1396	-0.038	0.089	0.0315	-0.0075	0.0344	0.0228	0.0434	16.2785	-11.8284	33.7017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	P	-1 - 336
2	X-RAY DIFFRACTION	2	R	2 - 336
3	X-RAY DIFFRACTION	3	O	2 - 335
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Q	2 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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