PDB-3l4s: Crystal structure of C151G mutant of Glyceraldehyde 3-phosphate d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l4s

タイトル

Crystal structure of C151G mutant of Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 1 (GAPDH1) from methicillin resistant Staphylococcus aureus MRSA252 complexed with NAD and G3P

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Glycolysis / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Mukherjee, S. / Dutta, D. / Saha, B. / Das, A.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 from methicillin-resistant Staphylococcus aureus MRSA252 provides novel insights into substrate binding and catalytic mechanism.
著者: Mukherjee, S. / Dutta, D. / Saha, B. / Das, A.K.

履歴

登録	2009年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l4s.cif.gz	268.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l4s.ent.gz	218.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l4s_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l4s_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3l4s_validation.xml.gz	54.1 KB	表示
CIF形式データ	3l4s_validation.cif.gz	72.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/3l4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/3l4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hq4C 3k73C 3k9qC 3ksdC 3kszC 3kv3C 3l6oC 3lc1C 3lc2C 3lc7C 3lvfC 3h48 PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lc1-d 3lvf-d 3ksd-d 3k73-d 3kv3-d 3lc7-d 3k9q-d 5y37-d 5v8x-d 5jy6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (11)

登録構造単位

Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.593, 102.936, 90.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Q
2	1	P
3	1	O
4	1	R

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1 / GAPDH 1 分子量: 36274.672 Da / 分子数: 4 / 変異: C151G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / 遺伝子: gap, gap1, gapA, gapA1, SAR0828 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 参照: UniProt: Q6GIL8, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物	ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID 分子量: 186.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₇P
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	THE 3PG IS NOT PHOSPHOGLYCERIC ACID STRUCTURALLY. THE LIGAND BOUND IS THE GEM DI-OL FORM OF ...THE 3PG IS NOT PHOSPHOGLYCERIC ACID STRUCTURALLY. THE LIGAND BOUND IS THE GEM DI-OL FORM OF GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE (G3H).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 (M) Tris-HCl, pH8.5, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月10日 / 詳細: Varimax mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→85.55 Å / Num. all: 60084 / Num. obs: 57048 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.63 % / B_iso Wilson estimate: 34.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.47 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5916 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0095	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3H48

3h48
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.2→27.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 18.936 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24877	3035	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19707	-	-	-
obs	0.19961	57048	99.55 %	-
all	-	60084	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.522 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.61 Å²	0 Å²	-0.81 Å²
2-	-	3.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10106	0	220	263	10589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	10480
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.699	1.983	14234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.876	5	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.467	25.401	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.727	15	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.76	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.694	1.5	6590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.443	2.5	10590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.219	5	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.974	10	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
Q	1303	tight positional	0.07	0.05
P	1303	tight positional	0.08	0.05
O	1303	tight positional	0.07	0.05
R	1303	tight positional	0.07	0.05
Q	1162	medium positional	0.07	0.5
P	1162	medium positional	0.08	0.5
O	1162	medium positional	0.08	0.5
R	1162	medium positional	0.07	0.5
Q	1303	tight thermal	0.18	0.5
P	1303	tight thermal	0.18	0.5
O	1303	tight thermal	0.18	0.5
R	1303	tight thermal	0.17	0.5
Q	1162	medium thermal	0.21	2
P	1162	medium thermal	0.21	2
O	1162	medium thermal	0.19	2
R	1162	medium thermal	0.19	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	225	-
R_work	0.303	4153	-
obs	-	-	98.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0153	0.1688	0.0114	0.8867	0.1363	0.931	-0.0201	0.2822	0.2795	-0.0669	0.0129	-0.1106	-0.0789	0.1625	0.0071	0.1813	0.0047	0.0252	0.1123	0.0992	0.2496	-11.0154	-0.8506	6.9613
2	1.3834	-0.2621	-0.3797	0.5513	0.0106	1.5271	0.0085	-0.2258	0.0915	-0.0073	-0.0437	0.0736	-0.1127	-0.3569	0.0352	0.1531	0.0131	0.0011	0.1853	-0.043	0.1817	-41.3033	-4.6357	33.3159
3	1.416	-0.1726	0.3103	0.4973	0.2761	1.8526	0.0342	-0.3095	-0.1099	0.0456	-0.0279	-0.086	0.0985	0.2245	-0.0063	0.1759	-0.024	-0.019	0.1529	0.0771	0.1914	-7.1086	-20.3046	39.5476
4	1.5523	0.3363	0.3453	0.8388	0.3162	2.2199	0.0511	0.0669	-0.2951	0.0099	-0.0335	-0.0208	0.3687	-0.1791	-0.0175	0.2446	-0.009	-0.0061	0.0236	-0.0157	0.2138	-31.4502	-32.9811	9.3023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Q	1 - 334
2	X-RAY DIFFRACTION	2	P	2 - 334
3	X-RAY DIFFRACTION	3	O	1 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	R	2 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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