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- PDB-3luy: Putative chorismate mutase from Bifidobacterium adolescentis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3luy
タイトルPutative chorismate mutase from Bifidobacterium adolescentis
要素Probable chorismate mutase
キーワードISOMERASE / structural genomics / APC38059 / chorismate / mutase / 3-phenylpyruvate / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


prephenate dehydratase / prephenate dehydratase activity / chorismate mutase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bifunctional P-protein, chorismate mutase/prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase domain profile. / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Bifunctional P-protein, chorismate mutase/prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase domain profile. / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHENYLPYRUVIC ACID / Prephenate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium adolescentis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative chorismate mutase from Bifidobacterium adolescentis.
著者: Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable chorismate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5372
ポリマ－36,3731
非ポリマー1641
水2,486138
1
A: Probable chorismate mutase
ヘテロ分子

A: Probable chorismate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0744
ポリマ－72,7462
非ポリマー3282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area9790 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area27300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.954, 59.198, 63.172
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Probable chorismate mutase


分子量: 36372.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium adolescentis (バクテリア)
株: ATCC 15703 / 遺伝子: BAD_1067, pheA / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1A2B5
#2: 化合物 ChemComp-PPY / 3-PHENYLPYRUVIC ACID / フェニルピルビン酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.05 M HEPES buffer, 35% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月13日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.7 Å / Num. all: 25950 / Num. obs: 25950 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 2.447 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 1284 / Χ2: 1.536 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→39.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.792 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1317 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.194 25902 --
obs0.194 25902 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.22 Å2 / Biso mean: 32.085 Å2 / Biso min: 12.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.16 Å20 Å20 Å2
2--1.78 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2526 0 12 138 2676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222728
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.9543750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96634450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.085358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63223.723137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.84615419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1041523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0571.51679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2831.5670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85122719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74831049
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2334.51014
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 95 -
Rwork0.271 1739 -
all-1834 -
obs-1834 97.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 90.0263 Å / Origin y: 0.7151 Å / Origin z: 4.9094 Å
111213212223313233
T0.0143 Å2-0.0039 Å20.0086 Å2-0.0557 Å20.0024 Å2--0.0791 Å2
L0.9469 °20.1415 °2-0.0766 °2-0.6285 °20.5531 °2--1.677 °2
S-0.0453 Å °0.1205 Å °-0.0771 Å °-0.0783 Å °0.0479 Å °0.0262 Å °-0.0679 Å °-0.1724 Å °-0.0025 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 326
2X-RAY DIFFRACTION1A501
3X-RAY DIFFRACTION1A327 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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