PDB-3lus: Crystal structure of a putative organic hydroperoxide resistance ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lus

タイトル

Crystal structure of a putative organic hydroperoxide resistance protein with molecule of captopril bound in one of the active sites from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961

要素

Organic hydroperoxide resistance protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN / ORHC / CAPTOPRIL-BOUND / CSGID / NIAID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

response to oxidative stress / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Nocek, B. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a putative organic hydroperoxide resistance protein with molecule of captopril bound in one of the active sites from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
著者: Nocek, B. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, N. / Kwon, K. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / NIAID

履歴

登録	2010年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年5月1日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lus.cif.gz	70.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lus.ent.gz	53 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lus_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lus_full_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示
XML形式データ	3lus_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	3lus_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lus	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3eerS 3i07 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3i07-d 6ed0-d 1n2f-d 6eci-5 5dsy-1 5dsy-3 6eb4-2 5tsa-d 4xx2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp01325

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Organic hydroperoxide resistance protein

B: Organic hydroperoxide resistance protein

ヘテロ分子

31.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.203, 76.198, 79.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Organic hydroperoxide resistance protein 分子量: 15482.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: VC_A1006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9KKU4
#2: 化合物	ChemComp-X8Z / L-CAPTOPRIL / カプトプリル分子量: 217.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅NO₃S / コメント: 阻害剤, 薬剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium Acetate 0.1 M MES 30% Peg 2000MME 30mM captopril 5mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→40 Å / Num. all: 17357 / Num. obs: 17357 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.87 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EER

3eer

解像度: 1.96→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 9.038 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22697	873	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1708	-	-	-
obs	0.17349	16382	99.92 %	-
all	-	17225	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.992 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2113	0	14	90	2217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	1.962	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.988	3	3298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.863	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.984	25.714	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.635	15	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.534	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.025	1.5	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.338	1.5	590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.739	2	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.073	3	699
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.865	4.5	624
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	62	-
R_work	0.208	1185	-
obs	-	-	99.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4784	0.99	-0.327	4.275	0.1346	1.1752	0.2824	-0.2178	0.1243	0.1878	-0.2467	-0.0368	-0.2164	0.0532	-0.0357	0.1446	-0.0019	-0.0131	0.1028	0.0136	0.0945	-8.7263	-3.3667	26.6956
2	4.4624	-0.2933	0.7723	4.5881	-0.6335	1.5333	0.0236	-0.0564	-0.3434	0.1276	-0.196	0.5548	0.2711	-0.3705	0.1724	0.1713	-0.0677	0.0512	0.2058	-0.0528	0.2037	-19.3332	-18.3272	24.04
3	2.2237	-1.7943	-1.1708	7.0055	3.263	3.7507	-0.1423	-0.0124	0.0059	-0.0719	0.0483	0.3249	0.0911	-0.3126	0.094	0.0866	-0.031	-0.046	0.1239	0.0118	0.1433	-19.7303	-20.4478	17.3191
4	0.9153	1.2548	-0.7339	4.8822	-1.9198	1.1647	0.0162	0.0618	-0.041	0.0197	-0.0021	0.113	-0.0558	-0.1273	-0.0141	0.1239	-0.0119	-0.0111	0.1144	-0.0141	0.1133	-10.9806	-10.0789	11.8024
5	6.1802	1.2524	4.0474	11.3464	0.2162	2.6881	0.0124	-0.2337	0.2908	0.2436	-0.1709	0.2269	0.0264	-0.159	0.1584	0.1556	-0.0051	-0.0169	0.1205	0.0078	0.105	-5.8599	9.6133	5.2828
6	0.6547	-1.3766	1.1162	5.6341	-3.4686	3.4028	0.0564	0.0588	-0.0824	-0.1795	0.0477	0.2634	0.0905	-0.0503	-0.1041	0.1218	-0.0007	-0.0197	0.0971	-0.009	0.1099	-6.8693	-13.3557	7.7924
7	0.3084	-1.5039	0.8234	8.7478	-5.6206	5.245	-0.0698	0.0279	-0.0023	-0.0275	0.0216	-0.2352	0.2189	-0.0946	0.0483	0.1353	-0.0114	0.0199	0.1088	-0.0124	0.146	-1.6209	-19.0632	13.0935
8	8.1948	0.586	2.4349	4.7875	-2.0952	7.6019	0.0289	0.0736	0.0142	-0.4175	-0.093	-0.3508	-0.0542	-0.1156	0.0641	0.2287	0.0597	0.0319	0.0627	0.0249	0.0439	-0.1449	1.3263	-1.8697
9	0.9666	1.1207	-1.9906	1.6956	-2.7514	4.5995	0.0012	0.0555	-0.0287	0.11	-0.0856	-0.0766	-0.1491	0.0302	0.0844	0.1514	-0.0003	-0.0048	0.1141	0.0125	0.1336	-0.2204	-2.9091	13.0025
10	1.1174	-0.4806	0.7236	0.7146	-1.7162	5.794	0.0771	0.1284	0.0928	-0.1834	-0.146	-0.1194	0.1051	0.5186	0.0689	0.1792	-0.0046	0.0261	0.1146	0.0122	0.1419	2.2845	-9.7711	7.1186
11	1.3123	-1.7607	0.2777	4.9542	-1.0203	1.6405	0.163	-0.031	0.0548	-0.1454	-0.1793	-0.1452	0.2637	0.1427	0.0163	0.1342	0.0076	0.0193	0.1022	0.0097	0.1024	-3.8563	-21.5998	10.6144
12	5.3759	1.0328	-0.2472	17.7965	0.0895	3.8409	-0.0644	0.0489	0.2785	-0.8093	0.2041	0.4187	-0.3151	-0.2067	-0.1397	0.112	0.0308	-0.0467	0.1252	0.016	0.1291	-17.4193	-4.9475	6.9349
13	2.3361	-1.709	-1.7155	13.7282	7.9902	8.0035	-0.1218	0.1562	-0.0696	-0.0964	0.0136	0.4042	-0.1632	-0.4031	0.1083	0.0994	0.0495	-0.0207	0.1077	0.0399	0.07	-18.8801	-5.2467	13.0036
14	0.7897	-0.4979	0.3148	2.2713	-0.9736	1.3935	0.003	0.0511	0.003	-0.1353	-0.0405	0.0531	-0.029	-0.087	0.0374	0.1055	0.0151	-0.0129	0.1281	-0.0074	0.1164	-13.3195	-13.3049	22.568
15	16.3167	-9.3396	-0.8366	6.231	-0.8667	2.0994	0.0144	0.2877	-0.6721	-0.1619	0	0.4257	0.2701	-0.2813	-0.0144	0.175	-0.0779	-0.0148	0.0801	-0.0165	0.1865	-12.9574	-32.2213	32.7194
16	1.5258	3.151	-2.077	7.465	-3.8948	3.0348	0.0011	-0.0606	0.0117	-0.0872	-0.0287	0.0038	-0.0637	0.077	0.0276	0.111	0.0082	-0.0078	0.0948	-0.0097	0.1209	-6.5985	-5.9038	26.0733
17	21.5798	-1.8383	3.6995	15.7117	-5.9357	10.2716	-0.0635	-0.5612	-0.6135	-0.919	-0.2622	-0.1696	1.213	-0.2399	0.3256	0.1942	-0.0623	0.0636	0.2091	0.0468	0.0626	-12.6456	-23.4882	39.9663
18	4.9911	-1.4374	-3.3985	1.9016	-3.6062	16.4475	-0.383	-0.2974	-0.2215	0.1279	0.3096	0.0942	0.2654	-0.4309	0.0734	0.3824	-0.0841	-0.1055	0.1468	0.0428	0.0759	-3.8962	-25.3673	39.8634
19	0.8469	0.7461	0.2935	1.5548	-1.5017	3.5844	-0.0012	-0.0814	-0.0995	-0.0091	-0.1201	-0.1929	0.0668	0.0027	0.1213	0.1155	-0.0029	-0.0071	0.1198	0.016	0.1364	-2.4224	-20.6785	25.5283
20	3.789	1.5975	-5.4761	0.8012	-2.2061	8.6639	0.0039	-0.371	-0.1046	0.0975	-0.1449	-0.0771	-0.101	0.5134	0.141	0.1215	-0.0024	-0.0159	0.1332	0.0126	0.1244	-2.9598	-13.7815	32.6744

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	28 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	45 - 68
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	69 - 77
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	78 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	93 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	105 - 117
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	118 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	129 - 145
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	2 - 16
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	17 - 27
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	28 - 41
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	42 - 69
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	70 - 79
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	80 - 104
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	105 - 109
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	110 - 117
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	118 - 129
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	130 - 145

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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