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万見
- PDB-3luo: Crystal Structure and functional characterization of the thermoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3luo
タイトルCrystal Structure and functional characterization of the thermophilic prolyl isomerase and chaperone SlyD
要素
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Suc-Ala-Leu-Pro-Phe-pNA
キーワードISOMERASE / PROLYL CIS TRANS ISOMERASE / CHAPERONE FUNCTION / TWO DOMAIN PROTEIN / Ni(2+) Zn(2+) BINDING / SLYD
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein refolding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Loew, C. / Neumann, P. / Weininger, U. / Stubbs, M.T. / Balbach, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure Determination and Functional Characterization of the Metallochaperone SlyD from Thermus thermophilus
著者: Loew, C. / Neumann, P. / Tidow, H. / Weininger, U. / Haupt, C. / Friedrich-Epler, B. / Scholz, C. / Stubbs, M.T. / Balbach, J.
履歴
登録2010年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Derived calculations
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Suc-Ala-Leu-Pro-Phe-pNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2526
ポリマ－17,9912
非ポリマー2624
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Suc-Ala-Leu-Pro-Phe-pNA
ヘテロ分子

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Suc-Ala-Leu-Pro-Phe-pNA
ヘテロ分子

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Suc-Ala-Leu-Pro-Phe-pNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,75718
ポリマ－53,9736
非ポリマー78512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area6300 Å2
ΔGint-386 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.400, 111.400, 111.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 17400.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PET-VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5SLE7, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド Suc-Ala-Leu-Pro-Phe-pNA


分子量: 590.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE SUBSTRATE WAS PURCHASED FROM A COMPANY.
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10MG/ML N-SUC-ALA-LEU-PRO-PHE-PNA, 2M AMMONIUM SULFATE, 5 % PEG 400, 100MM MES, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→20 Å / Num. all: 7658 / Num. obs: 7636 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.35 % / Biso Wilson estimate: 68.806 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 23.77
反射 シェル解像度: 2.55→2.65 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. measured obs: 5982 / Num. unique all: 808 / Num. unique obs: 808 / Rsym value: 0.662 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3CGM

3cgm


解像度: 2.55→19.693 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.24 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS parameters have been included in refinemnt
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 731 5.03 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 7636 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 92.506 Å2 / ksol: 0.407 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 215.89 Å2 / Biso mean: 94.308 Å2 / Biso min: 31.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.33 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→19.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 0 4 21 1185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0231195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9281614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.271431
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.55-2.6090.278490.288923972100
2.609-2.6750.391480.28991496299
2.675-2.7470.367480.292923971100
2.747-2.8270.344490.262899948100
2.827-2.9180.264490.225940989100
2.918-3.0220.218480.222913961100
3.022-3.1430.315480.213906954100
3.143-3.2850.151510.1839511002100
3.285-3.4580.239460.163892938100
3.458-3.6730.312500.189936986100
3.673-3.9540.191500.182923973100
3.954-4.3480.21470.16900947100
4.348-4.9690.186490.139928977100
4.969-6.2270.164480.17920968100
6.227-19.6940.225510.254925976100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7820.2454-0.0440.47770.36181.77050.3214-0.15750.1354-0.25860.0001-0.2803-0.01610.1942-0.24490.42280.07990.08220.33420.06810.54297.2791-11.9273-19.325
21.5764-0.34750.07061.2920.8771-0.7523-0.0188-0.41420.26690.2252-0.0823-0.2203-0.5473-0.2406-0.14621.42810.2621-0.0071.0020.05021.210719.9229-25.8474-43.2071
32.01054.0425-1.40614.81830.05852.3376-0.1098-0.1180.1118-0.0644-0.19550.0950.39930.84760.29050.75940.32240.15311.01620.20850.8187.1653-17.5696-24.5964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:68 OR RESID 118:151)A1 - 68
2X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:68 OR RESID 118:151)A118 - 151
3X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 69:117)A69 - 117
4X-RAY DIFFRACTION3CHAIN BB1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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