PDB-3lu6: Human serum albumin in complex with compound 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lu6

タイトル

Human serum albumin in complex with compound 1

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Binding Sites / Ligands / Protein Binding / Serum Albumin / HSA / PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH / ASTRAZENECA / Drug Design

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Buttar, D. / Colclough, N. / Gerhardt, S. / MacFaul, P.A. / Phillips, S.D. / Plowright, A. / Whittamore, P. / Tam, K. / Maskos, K. / Steinbacher, S. / Steuber, H.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: A combined spectroscopic and crystallographic approach to probing drug-human serum albumin interactions
著者: Buttar, D. / Colclough, N. / Gerhardt, S. / Macfaul, P.A. / Phillips, S.D. / Plowright, A. / Whittamore, P. / Tam, K. / Maskos, K. / Steinbacher, S. / Steuber, H.

履歴

登録	2010年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lu6.cif.gz	463.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lu6.ent.gz	400.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lu6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lu6	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	1e7a-1 4luf-d 2ydf-2 2bxb-1 1ao6-2 6u4x-d 5otb-4 172 3jry-1 2xw1-2 2bxd-1 2xvq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#37 - 2003年1月
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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抗体 (Antibodies)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serum albumin

B: Serum albumin

ヘテロ分子

135 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Serum albumin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serum albumin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.561, 59.868, 95.573
Angle α, β, γ (deg.)	74.51, 86.57, 74.47
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物	ChemComp-IMX / [(1R,2R)-2-{[(5-fluoro-1H-indol-2-yl)carbonyl]amino}-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]acetic acid 分子量: 352.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₇FN₂O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月12日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→55.64 Å / Num. all: 31188 / Num. obs: 31188 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 2.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング

精密化

解像度: 2.7→55.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 34.32 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.422 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27458	1478	4.7 %	RANDOM
R_work	0.23574	-	-	-
all	0.24019	29708	-	-
obs	0.23758	29708	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.004 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	-1.86 Å²	-1.01 Å²
2-	-	0.78 Å²	0.6 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→55.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9198	0	104	14	9316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	9533
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	8435
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.15	1.985	12895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.799	3	19812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.091	5	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.226	24.944	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.516	15	1732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.118	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	8628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	5152
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.056	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.191	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.199	2	7527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.287	2	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.394	3	9358
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.294	4	4385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.57	6	3536
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.415	126	-
R_work	0.33	2230	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8136	-2.2013	0.4509	6.9394	2.4173	4.7425	0.2299	0.0804	-0.294	-0.1416	-0.1437	0.2573	0.232	-0.2446	-0.0862	0.0376	-0.0332	-0.0109	-0.1841	0.0266	-0.1922	-3.522	-12.49	14.625
2	7.9995	12.6594	7.1165	25.3736	6.0088	11.4983	-0.7781	-0.5981	-1.2919	-2.47	0.6417	-0.539	0.7769	-0.2633	0.1364	0.0783	0.0918	0.0154	-0.0489	-0.0442	-0.0113	0.038	-16.807	2.144
3	0.8762	2.4382	-0.3409	10.6136	-4.8958	4.2017	0.3331	0.2508	0.8503	-0.2053	-0.1245	0.8865	-0.2172	-1.1043	-0.2086	0.138	0.1131	-0.0124	0.1782	-0.1018	0.0527	-9.959	-1.503	4.809
4	1.9763	2.2748	-2.2403	7.9131	-5.5532	10.1425	0.0822	-0.523	0.2156	0.4702	0.0232	0.4728	0.1976	-0.7112	-0.1055	0.063	-0.0015	-0.0306	0.0662	-0.1174	-0.0495	-10.848	-2.35	29.107
5	2.5403	0.0814	-1.2281	1.36	-1.6097	4.9775	-0.105	-0.2753	0.0691	0.3089	0.0723	-0.1461	0.1055	-0.1901	0.0328	0.0879	0.0183	0.0137	-0.1416	-0.0463	-0.1019	0.365	1.193	30.446
6	5.2465	0.8047	1.3389	2.5098	0.273	1.94	0.1589	-0.4518	0.091	0.2934	-0.1565	-0.5266	0.2903	0.2399	-0.0025	0.012	0.0789	0.0282	-0.085	-0.0018	0.0851	17.881	0.325	20.736
7	2.7637	0.1779	-0.8446	3.4693	-0.2518	5.0034	0.0292	0.1747	0.4009	-0.1865	-0.206	-0.7083	-0.2	0.6586	0.1768	0.0666	-0.0508	-0.005	0.2017	0.1468	0.6481	28.37	20.781	15.908
8	5.4482	0.5246	-1.0707	3.942	0.2448	3.9239	0.1189	-0.6252	0.3215	0.3456	-0.1815	-0.3174	-0.3339	0.2873	0.0627	0.0975	0.0356	0.0169	0.0046	0.0099	0.2688	2.733	24.388	26.25
9	4.0794	1.2668	-0.4032	3.7979	-2.1334	2.4484	0.1162	-0.5697	1.153	0.7927	0.2471	0.4312	-0.6249	-1.0122	-0.3633	0.5935	0.052	0.0734	0.6135	-0.1076	0.5737	-17.848	29.546	33.957
10	2.7432	0.0561	-1.1922	0.7139	0.508	2.6157	0.0156	-0.2058	-0.1917	0.2181	-0.0484	0.4482	0.2058	-0.7429	0.0329	0.0127	0.0242	-0.0329	0.2603	-0.0568	-0.0084	-27.282	-10.805	-13.935
11	8.0027	-1.6702	-5.4703	2.1234	-4.1813	19.7034	-0.2923	1.221	-1.5776	0.5031	0.4323	0.9201	-1.1551	-2.0311	-0.1399	0.1807	-0.0518	0.0266	0.274	-0.0599	0.1227	-30.092	-5.613	-1.718
12	11.1709	-2.2062	-0.1041	1.3116	-1.9391	4.3857	-0.1136	0.3626	-1.7529	0.0925	0.4214	0.1568	1.4103	-0.2331	-0.3078	0.3274	-0.0718	-0.0705	0.2567	-0.0843	0.3423	-17.806	-19.336	-3.746
13	3.6929	1.6401	5.2825	1.523	1.5427	8.3684	0.1901	0.5892	-0.3354	-0.1887	0.0182	0.1399	0.9117	-0.2333	-0.2082	0.1303	-0.0094	0.0096	0.2436	-0.0286	0.1224	-19.69	-21.556	-28.174
14	0.8627	1.175	1.4366	1.9695	1.2719	3.663	-0.1267	0.3843	0.0499	-0.3193	0.0071	0.0966	0.1066	0.0766	0.1196	-0.0282	0.0837	-0.0251	0.1162	-0.0672	-0.0497	-13.429	-11.618	-30.301
15	3.6619	1.0997	-0.2157	3.4233	-1.1886	2.9142	-0.099	0.317	0.5327	-0.5876	-0.01	0.1155	-0.1701	-0.3486	0.109	-0.0149	0.0989	0.0131	0.0161	-0.0394	-0.0848	-9.483	5.998	-21.539
16	5.3752	0.3562	1.5951	4.2281	0.394	3.7571	-0.1171	0.1068	0.5035	0.0729	-0.1104	-0.5331	-0.3612	0.5425	0.2276	0.0852	-0.0186	0.0475	0.154	0.07	0.1145	13.02	10.965	-17.416
17	3.4322	-0.0239	1.0985	3.2356	1.6772	6.7587	-0.0844	0.3027	0.239	-0.3605	0.0299	-0.0849	-0.1649	0.5223	0.0544	-0.0084	0.0892	-0.0092	0.0922	0.0051	0.0055	9.668	-15.133	-26.518
18	1.245	1.0122	-0.5985	3.8524	1.4968	1.5863	0.0408	0.1912	-0.8742	-0.1339	0.0449	-0.5552	0.9803	0.5789	-0.0856	0.6312	-0.0102	0.0072	0.5715	0.004	0.4831	8.985	-36.574	-33.724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	58 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	67 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	106 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	148 - 206
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	207 - 291
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	292 - 384
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	385 - 490
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	491 - 582
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	5 - 57
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	58 - 66
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	67 - 105
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	106 - 147
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	148 - 206
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	207 - 291
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	292 - 384
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	385 - 490
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	491 - 582

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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