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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ltv | ||||||
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タイトル | Mouse-human sod1 chimera | ||||||
要素 | Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ANTIOXIDANT / METAL-BINDING / AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS / DISEASE MUTATION / PHOSPHOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Detoxification of Reactive Oxygen Species / dense core granule / Platelet degranulation / action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide ...Detoxification of Reactive Oxygen Species / dense core granule / Platelet degranulation / action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / retrograde axonal transport / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of protein kinase activity / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / response to copper ion / myeloid cell homeostasis / positive regulation of catalytic activity / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / heart contraction / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / negative regulation of reproductive process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of developmental process / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / : / neuronal action potential / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of superoxide anion generation / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / response to nutrient levels / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / secretory granule / positive regulation of cytokine production / placenta development / locomotory behavior / response to reactive oxygen species / determination of adult lifespan / sensory perception of sound / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / Platelet degranulation / peroxisome / myelin sheath / protein-folding chaperone binding / gene expression / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / response to oxidative stress / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.453 Å | ||||||
データ登録者 | Seetharaman, S.V. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2010 タイトル: Structures of mouse SOD1 and human/mouse SOD1 chimeras. 著者: Seetharaman, S.V. / Taylor, A.B. / Holloway, S. / Hart, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ltv.cif.gz | 174.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ltv.ent.gz | 140.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ltv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/3ltv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/3ltv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15750.348 Da / 分子数: 6 断片: RESIDUES 2-81 FROM MOUSE PROTEIN, RESIDUES 82-154 FROM HUMAN PROTEIN,RESIDUES 2-81 FROM MOUSE PROTEIN, RESIDUES 82-154 FROM HUMAN PROTEIN 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: Sod1, SOD1 / プラスミド: PKA8H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P08228, UniProt: P00441, superoxide dismutase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE, 25% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月21日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SIDE-BOUNCE MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 34238 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 38.4 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2VR7 解像度: 2.453→37.557 Å / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.425 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.453→37.557 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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