PDB-3lts: Crystal structure of the mutant V182A,I199A of orotidine 5'-monop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lts

タイトル

Crystal structure of the mutant V182A,I199A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / mutant V182A / I199A / inhibitor BMP / Decarboxylase / Pyrimidine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.428 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
著者: Wood, B.M. / Amyes, T.L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Shabila, A. / Almo, S.C. / Richard, J.P. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2010年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lts.cif.gz	95.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lts.ent.gz	73.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lts.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lts_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lts_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3lts_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	3lts_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/3lts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/3lts	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lhtC 3lhuC 3lhvC 3lhwC 3lhyC 3lhzC 3li1C 3lldC 3llfC 3ltpSC 3ltyC 3lv5C 3lv6C 3m1zC 3m41C 3m43C 3m44C 3m47C 3m5xC 3m5yC 3m5zC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lty-d 3g24-d 3g1h-3 4o8r-3 1km3-2 3qf0-d 1km6-2 2zz2-d 7kho-4 3nqa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.535, 56.555, 128.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24814.564 Da / 分子数: 2 / 変異: V182A,I199A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月5日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→38.185 Å / Num. all: 73591 / Num. obs: 73591 / % possible obs: 95.08 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.081

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LTP

3ltp

解像度: 1.428→38.185 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2811	3710	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2544	-	-	-
all	0.258	73591	-	-
obs	0.2558	73591	95.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.099 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.428→38.185 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3223	0	44	167	3434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3315
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	4480
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.986	1282
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	508
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	589

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.428-1.4461	0.3492	47	0.368	972	X-RAY DIFFRACTION	36
1.4461-1.4651	0.4284	67	0.3666	1560	X-RAY DIFFRACTION	58
1.4651-1.4852	0.3368	102	0.346	2141	X-RAY DIFFRACTION	79
1.4852-1.5064	0.3706	124	0.315	2513	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5064-1.5289	0.3881	160	0.2976	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5289-1.5528	0.2888	134	0.2777	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5528-1.5782	0.2971	151	0.2545	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5782-1.6055	0.2546	150	0.2437	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6055-1.6347	0.3047	126	0.2335	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6347-1.6661	0.2473	149	0.2353	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6661-1.7001	0.2837	161	0.221	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7001-1.7371	0.2923	131	0.2265	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7371-1.7775	0.2675	157	0.2274	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7775-1.8219	0.2598	140	0.219	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8219-1.8712	0.2507	142	0.2234	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8712-1.9263	0.2731	153	0.2258	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9263-1.9884	0.246	130	0.2178	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9884-2.0595	0.2873	151	0.2315	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0595-2.1419	0.2665	154	0.228	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1419-2.2394	0.2668	142	0.2356	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2394-2.3575	0.2856	153	0.2313	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3575-2.5051	0.2866	150	0.2475	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5051-2.6985	0.2642	146	0.2622	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6985-2.97	0.2451	137	0.2568	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.3995	0.3195	155	0.2704	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3995-4.2821	0.268	146	0.2449	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2821-38.1988	0.2565	152	0.2667	2947	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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