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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ltp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor BMP | ||||||
![]() | Orotidine 5'-phosphate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / inhibitor BMP / Decarboxylase / Pyrimidine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. 著者: Wood, B.M. / Amyes, T.L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Shabila, A. / Almo, S.C. / Richard, J.P. / Gerlt, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3lhtC ![]() 3lhuC ![]() 3lhvC ![]() 3lhwC ![]() 3lhyC ![]() 3lhzC ![]() 3li1C ![]() 3lldC ![]() 3llfC ![]() 3ltsC ![]() 3ltyC ![]() 3lv5C ![]() 3lv6C ![]() 3m1zC ![]() 3m41C ![]() 3m43C ![]() 3m44C ![]() 3m47C ![]() 3m5xC ![]() 3m5yC ![]() 3m5zC ![]() 3g18S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24884.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, 0.2M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→25 Å / Num. all: 75761 / Num. obs: 75761 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3G18 解像度: 1.4→24.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1092637.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.0959 Å2 / ksol: 0.407186 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.87 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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