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万見
- PDB-3ltj: Structure of a new family of artificial alpha helicoidal repeat p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ltj
タイトルStructure of a new family of artificial alpha helicoidal repeat proteins (alpha-Rep) based on thermostable HEAT-like repeats
要素AlphaRep-4
キーワードPROTEIN BINDING / protein engineering / HEAT-like repeat
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Urvoas, A. / Guellouz, A. / Graille, M. / van Tilbeurgh, H. / Desmadril, M. / Minard, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Design, production and molecular structure of a new family of artificial alpha-helicoidal repeat proteins ( alpha Rep) based on thermostable HEAT-like repeats
著者: Urvoas, A. / Guellouz, A. / Valerio-Lepiniec, M. / Graille, M. / Durand, D. / Desravines, D.C. / van Tilbeurgh, H. / Desmadril, M. / Minard, P.
履歴
登録2010年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AlphaRep-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2241
ポリマ－22,2241
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: AlphaRep-4

A: AlphaRep-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4482
ポリマ－44,4482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.630, 85.180, 34.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-219-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AlphaRep-4


分子量: 22224.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 4% MPD, 0.1M Na citrate pH 5.6, 0.1M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9197 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月27日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 17826 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 21.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTM

3ltm


解像度: 1.8→25.744 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.852 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 891 5.01 %random
Rwork0.1741 ---
all0.1768 ---
obs0.1768 17789 97.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.556 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 87.63 Å2 / Biso mean: 25.137 Å2 / Biso min: 11.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.433 Å20 Å20 Å2
2--3.274 Å2-0 Å2
3---4.159 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1487 0 0 140 1627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8922051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.183561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.91280.26451460.18682757X-RAY DIFFRACTION98
1.9128-2.06040.27531430.17342735X-RAY DIFFRACTION97
2.0604-2.26760.22241440.16952729X-RAY DIFFRACTION96
2.2676-2.59550.23421460.1682794X-RAY DIFFRACTION98
2.5955-3.2690.22141530.18232891X-RAY DIFFRACTION100
3.269-25.74610.21011590.16842992X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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