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万見
- PDB-3ltf: Crystal Structure of the Drosophila Epidermal Growth Factor Recep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ltf
タイトルCrystal Structure of the Drosophila Epidermal Growth Factor Receptor ectodomain in complex with Spitz
要素
  • Epidermal growth factor receptor
  • Protein spitz
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE REGULATOR / Receptor-Ligand complex ectodomain cysteine rich domain EGF domain / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Receptor / Transferase / Tyrosine-protein kinase / Cell membrane / Developmental protein / Differentiation / Disulfide bond / EGF-like domain / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Golgi apparatus / Membrane / Neurogenesis / Transmembrane / TRANSFERASE-TRANSFERASE REGULATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


notum development / leg disc proximal/distal pattern formation / maternal determination of dorsal/ventral axis, ovarian follicular epithelium, soma encoded / regulation of tube length, open tracheal system / wing and notum subfield formation / notum cell fate specification / R8 cell differentiation / Signaling by ERBB2 / Signaling by ERBB4 / SHC1 events in ERBB2 signaling ...notum development / leg disc proximal/distal pattern formation / maternal determination of dorsal/ventral axis, ovarian follicular epithelium, soma encoded / regulation of tube length, open tracheal system / wing and notum subfield formation / notum cell fate specification / R8 cell differentiation / Signaling by ERBB2 / Signaling by ERBB4 / SHC1 events in ERBB2 signaling / PI3K events in ERBB4 signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2 Regulates Cell Motility / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / ectodermal cell fate determination / oenocyte differentiation / dorsal closure, spreading of leading edge cells / stomatogastric nervous system development / maintenance of epithelial integrity, open tracheal system / lumen formation, open tracheal system / positive regulation of imaginal disc growth / stem cell fate commitment / photoreceptor cell fate determination / imaginal disc development / salivary gland development / morphogenesis of follicular epithelium / epithelial cell proliferation involved in Malpighian tubule morphogenesis / compound eye cone cell differentiation / photoreceptor cell differentiation / PIP3 activates AKT signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Malpighian tubule morphogenesis / eye-antennal disc morphogenesis / second mitotic wave involved in compound eye morphogenesis / determination of genital disc primordium / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Downregulation of ERBB2 signaling / haltere development / germ-band shortening / tracheal outgrowth, open tracheal system / ommatidial rotation / negative regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / Downregulation of ERBB4 signaling / oenocyte development / RAF/MAP kinase cascade / compound eye photoreceptor cell differentiation / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / chorion-containing eggshell pattern formation / EGFR downregulation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / dorsal closure / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc morphogenesis / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / imaginal disc-derived wing vein specification / dorsal appendage formation / Clathrin-mediated endocytosis / border follicle cell migration / segment polarity determination / compound eye development / positive regulation of border follicle cell migration / Estrogen-dependent gene expression / imaginal disc-derived wing morphogenesis / gonad development / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / oocyte axis specification / germ-line stem cell population maintenance / eye development / heart process / behavioral response to ethanol / olfactory learning / peripheral nervous system development / embryonic pattern specification / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / cell projection assembly / embryo development ending in birth or egg hatching / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of wound healing / digestive tract morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell division / positive regulation of phosphorylation / neurogenesis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / basal plasma membrane / morphogenesis of an epithelium
類似検索 - 分子機能
Protein Gurken/Spitz / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / 24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / Laminin ...Protein Gurken/Spitz / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / 24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / Laminin / Laminin / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / : / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Epidermal growth factor receptor / Protein spitz
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Alvarado, D. / Klein, D.E. / Lemmon, M.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Structural basis for negative cooperativity in growth factor binding to an EGF receptor.
著者: Alvarado, D. / Klein, D.E. / Lemmon, M.A.
履歴
登録2010年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
D: Protein spitz
B: Protein spitz
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,41511
ポリマ－149,4034
非ポリマー3,0127
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15160 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area54680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.208, 124.239, 186.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACDB

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Gurken receptor / Protein torpedo / Drosophila relative of ERBB


分子量: 67970.914 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain, residues 100-688 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Egfr, Dmel_CG10079, torpedo, dEGFR, c-erbB, DER, top
プラスミド: pFastbac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04412, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-チロシンキナーゼ
#2: タンパク質 Protein spitz


分子量: 6730.695 Da / 分子数: 2 / 断片: EGF domain, residues 76-133 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG10334, spi, Spitz / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2(S2) cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q01083

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糖 , 4種, 6分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 1.5 M sodium potassium phosphate, pH 6.9 4% tert-butanol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月3日 / 詳細: Rh coated Si monochromatic mirrors
放射モノクロメーター: Horizontal bent Si(111), asymmetrically cut with water cooled Cu Block
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→40.5 Å / Num. all: 47481 / Num. obs: 45880 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 68.6 Å2 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.34 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4714 / Rsym value: 0.567 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: dEGFR domains I-IV (pdb entry 3I2T)

3i2t


解像度: 3.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 41.265 / SU ML: 0.322 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 1.135 / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27542 4589 10 %RANDOM
Rwork0.23664 ---
all0.2405 45880 --
obs0.2405 41290 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å2-0 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9014 0 199 0 9213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0229495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1261.97212928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.46451161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.15524.155426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.073151481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6411553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3141.55809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60829340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7433686
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3744.53587
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 343 -
Rwork0.321 2983 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1859-0.7824-0.30531.53960.7952.00150.0632-0.0513-0.0609-0.06030.035-0.1212-0.2274-0.0795-0.09820.07780.00460.01620.0147-0.01230.0652-8.34413.443427.4917
22.40080.39350.44370.43690.02311.0234-0.0249-0.04130.1976-0.08010.0411-0.0289-0.13120.0374-0.01620.09480.0119-0.0010.0405-0.03270.0412-23.2535-18.9564-11.6831
32.05040.54620.59963.4325-2.82623.75550.22190.4109-0.5334-0.0512-0.3907-0.42920.41580.4650.16880.10270.0415-0.00910.2044-0.00150.3144-26.217-39.6269-10.7283
42.51760.81520.23163.5559-1.84363.1332-0.1780.26820.4099-0.16880.2007-0.6121-0.68070.5318-0.02270.6025-0.11820.09980.2542-0.1330.52410.516733.586831.6403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 181
2X-RAY DIFFRACTION1A182 - 302
3X-RAY DIFFRACTION1A303 - 493
4X-RAY DIFFRACTION1A494 - 526
5X-RAY DIFFRACTION2C0 - 181
6X-RAY DIFFRACTION2C182 - 302
7X-RAY DIFFRACTION2C303 - 493
8X-RAY DIFFRACTION2C494 - 538
9X-RAY DIFFRACTION3D2 - 58
10X-RAY DIFFRACTION4B2 - 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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