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万見
- PDB-3ltd: X-ray structure of a non-biological ATP binding protein determine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ltd
タイトルX-ray structure of a non-biological ATP binding protein determined at 2.8 A by multi-wavelength anomalous dispersion
要素ATP BINDING PROTEIN-DX
キーワードDE NOVO PROTEIN / ALPHA/BETA FOLD / BENT ATP / NON-BIOLOGICAL PROTEIN
機能・相同性Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #210 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Simmons, C.R. / Magee, C.L. / Allen, J.P. / Chaput, J.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Three-dimensional structures reveal multiple ADP/ATP binding modes for a synthetic class of artificial proteins.
著者: Simmons, C.R. / Magee, C.L. / Smith, D.A. / Lauman, L. / Chaput, J.C. / Allen, J.P.
履歴
登録2010年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP BINDING PROTEIN-DX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4486
ポリマ－9,7081
非ポリマー7405
水27015
1
A: ATP BINDING PROTEIN-DX
ヘテロ分子

A: ATP BINDING PROTEIN-DX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,89712
ポリマ－19,4162
非ポリマー1,48110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area4390 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area8540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.145, 73.145, 54.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ATP BINDING PROTEIN-DX


分子量: 9708.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
解説: THE CONSTRUCT IS A NON-BIOLOGICAL ATP BINDING PROTEIN THAT WAS DISCOVERED THROUGH DIRECTED EVOLUTION.
プラスミド: PIADL14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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非ポリマー , 5種, 20分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.78 % / 解説: The Structure Factor File contains Friedel pairs
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1 M SODIUM PHOSPHATE PH 8.5, 0.25 M SODIUM CITRATE, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 23% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.2817, 1.2750, 1.2822
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28171
21.2751
31.28221
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 4054 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 12.69
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→36.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 9.14 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED IN PHASING. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 188 4.6 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 4053 92.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.03 Å2-0 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数583 0 43 15 641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021639
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.986861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.062568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.4923.22631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.14315111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.198155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6461.5344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.282559
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0783295
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5994.5302
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 16 -
Rwork0.258 278 -
obs--94.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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