PDB-3lsc: Crystal structure of the mutant E241Q of atrazine chlorohydrolase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lsc

タイトル

Crystal structure of the mutant E241Q of atrazine chlorohydrolase TrzN from Arthrobacter aurescens TC1 complexed with zinc and atraton

要素

Triazine hydrolase

キーワード

HYDROLASE / atrazine chlorohydrolase TrzN / E241Q / atraton

機能・相同性

機能・相同性情報

amidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter aurescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Seffernick, J. / Wackett, L.P. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the mutant E241Q of atrazine chlorohydrolase TrzN from Arthrobacter aurescens TC1 complexed with zinc and atraton
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Seffernick, J. / Wackett, L.P. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lsc.cif.gz	191.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lsc.ent.gz	151.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lsc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lsc_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lsc_full_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示
XML形式データ	3lsc_validation.xml.gz	36.9 KB	表示
CIF形式データ	3lsc_validation.cif.gz	53.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lsc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lsc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ls9S 3lsb S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hmf-d 4lh8-d 3ls9-d 3lsb-d 6ohc-2 4l9x-d 3cy0-1 6jx9-1 4emy-1 3s4c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Triazine hydrolase

B: Triazine hydrolase

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.378, 101.621, 80.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Triazine hydrolase 分子量: 49838.668 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 14-469 / 変異: E241Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter aurescens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6SJY7
#2: 化合物	ChemComp-AOO / N-ethyl-6-methoxy-N'-(1-methylethyl)-1,3,5-triazine-2,4-diamine / Atraton / アトラトン分子量: 211.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₇N₅O
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG4000, 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→40 Å / Num. obs: 108286 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.071

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3LS9

3ls9

解像度: 1.64→39.106 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2143	5408	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1893	-	-	-
obs	0.1906	108286	98.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.027 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→39.106 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6956	0	17	431	7404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7129
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.029	9699
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.897	2581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1080
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1279

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.6573	0.33	119	0.2876	2628	X-RAY DIFFRACTION	76
1.6573-1.6768	0.2708	175	0.2808	3067	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6768-1.6973	0.3337	167	0.2649	3366	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6973-1.7187	0.2827	182	0.25	3410	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7187-1.7414	0.2994	161	0.2465	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7414-1.7652	0.2799	182	0.2359	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7652-1.7904	0.2654	197	0.2227	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7904-1.8171	0.2343	183	0.2182	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8171-1.8455	0.2574	203	0.212	3501	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8455-1.8758	0.2612	195	0.2076	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8758-1.9081	0.2408	182	0.2103	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9081-1.9428	0.2609	172	0.2042	3467	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9428-1.9802	0.2459	174	0.1915	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9802-2.0206	0.2179	158	0.1907	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0206-2.0646	0.2238	173	0.1835	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0646-2.1126	0.2152	182	0.1844	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1126-2.1654	0.21	193	0.1804	3451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1654-2.224	0.2141	186	0.1868	3456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.224-2.2894	0.2124	142	0.1879	3535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3633	0.2165	195	0.1815	3433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3633-2.4477	0.2041	187	0.1889	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4477-2.5457	0.2269	195	0.1914	3466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5457-2.6615	0.2315	213	0.1919	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6615-2.8018	0.2289	191	0.1977	3467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8018-2.9773	0.2044	183	0.1945	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9773-3.2071	0.221	200	0.2019	3469	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2071-3.5297	0.1965	191	0.1899	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5297-4.04	0.1836	156	0.1591	3527	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-5.0882	0.1589	192	0.1436	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0882-39.1171	0.1747	179	0.1683	3547	X-RAY DIFFRACTION	99

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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