PDB-3lrv: The Prp19 WD40 Domain Contains a Conserved Protein Interaction Re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lrv

タイトル

The Prp19 WD40 Domain Contains a Conserved Protein Interaction Region Essential for its Function.

要素

Pre-mRNA-splicing factor 19

キーワード

SPLICING / Prp19 / WD40 / E3 ubiquitin ligase / spliceosome / DNA damage / DNA repair / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / WD repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U2-type catalytic step 1 spliceosome / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / Prp19 complex / protein K63-linked ubiquitination / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Vander Kooi, C.W. / Chazin, W.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: The Prp19 WD40 domain contains a conserved protein interaction region essential for its function.
著者: Vander Kooi, C.W. / Ren, L. / Xu, P. / Ohi, M.D. / Gould, K.L. / Chazin, W.J.

履歴

登録	2010年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lrv.cif.gz	77.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lrv.ent.gz	58.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lrv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lrv_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lrv_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	3lrv_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	3lrv_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ltd-2 6klr-d 4o8j-1 4uyw-2 5i5f-3 1ypx-d 3elw-d 4u9o-d 5ojp-2 1hju-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pre-mRNA-splicing factor 19

ヘテロ分子

39 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Pre-mRNA-splicing factor 19

ヘテロ分子

A: Pre-mRNA-splicing factor 19

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Pre-mRNA-splicing factor 19

ヘテロ分子

A: Pre-mRNA-splicing factor 19

ヘテロ分子

A: Pre-mRNA-splicing factor 19

ヘテロ分子

A: Pre-mRNA-splicing factor 19

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.110, 83.110, 126.641
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2- HOH

#1: タンパク質	Pre-mRNA-splicing factor 19 分子量: 38738.504 Da / 分子数: 1 / 断片: WD40 domain, residues 165-503 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PRP19, PSO4, YLL036C / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P32523
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 7.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris at pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	200	1
2		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	CAMD	GCPCC	1	1.381
シンクロトロン	CAMD	GCPCC	2		0.9797, 0.9793, 0.9465

検出器

タイプ	ID	検出器
MAR CCD 165 mm	1	CCD
	2

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SI 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SI 111 CHANNEL	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.381	1
2	0.9797	1
3	0.9793	1
4	0.9465	1

反射

解像度: 2.6→31 Å / Num. obs: 14158 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0053	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→23.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 24.637 / SU ML: 0.234 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	712	5 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.222	13408	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→23.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2549	0	15	65	2629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.966	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.658	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.841	25.25	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.015	15	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.168	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.464	1.5	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.902	2	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.394	3	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.253	4.5	957
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.426	56	-
R_work	0.298	962	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7604	-4.0726	0.5584	11.3191	2.5037	2.5899	0.0118	0.2296	0.408	0.1526	-0.2218	-0.0612	0.0487	-0.0172	0.2101	0.2463	-0.0709	0.075	0.4215	0.0495	0.2389	29.852	39.86	38.994
2	2.6067	-0.6747	1.9911	11.4481	0.7881	2.4339	0.1563	-0.0754	0.4457	0.3605	-0.2351	-0.7976	0.1246	0.1729	0.0787	0.3006	0.0008	0.0067	0.5392	0.005	0.1696	36.179	32.931	43.213
3	3.6557	-0.5569	-0.0484	2.0521	-0.6957	2.2919	0.2386	0.0325	-0.16	-0.5451	-0.2551	-0.2933	0.0929	0.1451	0.0165	0.3863	0.0225	0.0264	0.5957	-0.0327	0.0844	39.315	32.402	42.796
4	10.096	2.9318	2.9949	4.8054	0.415	3.4509	-0.1448	-0.3187	-0.2244	0.098	-0.158	-0.5004	0.0866	0.4606	0.3028	0.2671	0.0719	0.003	0.4482	0.0793	0.0935	38.386	21.952	48.708
5	12.3731	2.066	1.7098	7.6823	0.9356	5.6585	0.1609	-0.469	-0.4186	0.0858	-0.0395	-0.3794	0.1426	0.1309	-0.1214	0.2181	0.0024	-0.0045	0.3276	0.0472	0.0314	28.346	17.098	48.985
6	10.4992	1.2132	3.8135	4.5682	1.6677	7.5449	0.0364	-0.6991	-0.7125	0.1968	-0.1344	0.0693	0.3063	0.0602	0.0979	0.3235	0.0195	0.0291	0.3458	0.0963	0.0748	24.02	15.487	53.637
7	4.6202	-2.1591	0.2051	3.8608	-2.6668	2.3276	-0.086	0.0306	0.055	-0.0454	0.2238	0.1256	0.0887	-0.2208	-0.1377	0.4034	-0.047	-0.038	0.4691	0.0099	0.0114	15.636	24.165	47.619
8	5.8156	-2.1161	-0.066	7.6822	-2.3567	4.6622	0.0829	-0.0364	-0.2374	-0.0661	0.2276	0.2453	0.0971	-0.4388	-0.3105	0.3389	-0.0576	-0.037	0.5255	0.0001	0.0351	11.303	26.89	47.092
9	6.6606	0.9401	-2.3052	5.0303	-1.4557	3.5724	-0.1137	0.2257	0.3995	-0.3164	0.1046	0.0764	0.0215	-0.2789	0.009	0.2806	0.0129	-0.0783	0.4293	0.0221	0.0587	10.214	36.035	41.276
10	11.1801	-3.0406	-7.5134	1.9616	1.2692	9.0995	-0.0951	-0.0255	0.0964	-0.0504	-0.0956	0.0403	0.1908	0.0995	0.1907	0.2332	-0.0454	-0.035	0.2634	0.061	0.1052	14.528	46.505	35.161
11	11.258	1.6004	-4.264	1.6564	-0.1404	5.6381	0.0239	0.1716	1.0037	-0.462	-0.0342	0.0445	-0.5052	0.4784	0.0104	0.7121	0.0797	-0.1312	0.6463	0.1094	0.3247	19.307	46.205	31.056
12	8.4118	-0.3778	-0.6825	8.6445	-0.4497	8.3206	-0.2598	-0.2853	0.2346	-0.6224	-0.0747	0.5696	-0.1368	0.537	0.3344	0.4346	0.0401	0.0066	0.7321	0.1047	0.2262	28.435	42.313	36.86

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	173 - 199
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	200 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	223 - 244
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	245 - 278
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	279 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	299 - 332
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	333 - 357
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	358 - 388
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	389 - 434
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	435 - 455
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	456 - 475
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	476 - 503

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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