PDB-3lrs: Structure of PG16, an antibody with broad and potent neutralizati...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lrs

タイトル

Structure of PG16, an antibody with broad and potent neutralization of HIV-1

要素

PG-16 Heavy Chain Fab
PG-16 Light Chain Fab

キーワード

IMMUNE SYSTEM / neutralizing antibodies / long CDRH3 / HIV-1

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Pancera, M. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of PG16 and chimeric dissection with somatically related PG9: structure-function analysis of two quaternary-specific antibodies that effectively neutralize HIV-1.
著者: Pancera, M. / McLellan, J.S. / Wu, X. / Zhu, J. / Changela, A. / Schmidt, S.D. / Yang, Y. / Zhou, T. / Phogat, S. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.

履歴

登録	2010年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lrs.cif.gz	670.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lrs.ent.gz	558.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lrs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mmeC 1nloS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qhm-1 4d9l-3 5wcc-1 2gfb-2 1mcq-d 6pzh-1 5jo5-3 4r90-d 5jo5-4 7jxc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: PG-16 Heavy Chain Fab

L: PG-16 Light Chain Fab

A: PG-16 Heavy Chain Fab

B: PG-16 Light Chain Fab

C: PG-16 Heavy Chain Fab

D: PG-16 Light Chain Fab

E: PG-16 Heavy Chain Fab

F: PG-16 Light Chain Fab

ヘテロ分子

193 kDa, 8 ポリマー
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1

H: PG-16 Heavy Chain Fab

L: PG-16 Light Chain Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 2 ポリマー
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2

A: PG-16 Heavy Chain Fab

B: PG-16 Light Chain Fab

ヘテロ分子

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48.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: PG-16 Heavy Chain Fab

D: PG-16 Light Chain Fab

ヘテロ分子

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4

E: PG-16 Heavy Chain Fab

F: PG-16 Light Chain Fab

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.317, 165.085, 81.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体

PG-16 Heavy Chain Fab

分子量: 25919.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

PG-16 Light Chain Fab

分子量: 22164.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 10.5 詳細: 0.74M Potassium Dihydrogen Phosphate, 1.10M Sodium Dihydrogen Phosphate, 0.2M Lithium Sulfate Monohydrate, 0.1 M CAPS, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射	モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 71375 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.126 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 15.73
反射シェル	解像度: 2.37→2.41 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.5116 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / R_sym value: 0.514 / % possible all: 25.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NLO

1nlo

解像度: 2.37→30.59 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	3598	5.04 %
R_work	0.211	-	-
obs	0.213	71375	82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.03 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.15 Å²	-0 Å²	-8.961 Å²
2-	-	-2.786 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.364 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→30.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12979	0	56	389	13424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13375
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.154	18170
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.098	4677
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	2041
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2317

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-2.399	0.427	41	0.265	902	X-RAY DIFFRACTION	28
2.399-2.432	0.358	58	0.26	1252	X-RAY DIFFRACTION	40
2.432-2.466	0.327	90	0.26	1384	X-RAY DIFFRACTION	43
2.466-2.503	0.352	81	0.276	1522	X-RAY DIFFRACTION	49
2.503-2.542	0.332	96	0.275	1750	X-RAY DIFFRACTION	54
2.542-2.584	0.363	106	0.264	1857	X-RAY DIFFRACTION	60
2.584-2.628	0.331	125	0.261	2081	X-RAY DIFFRACTION	65
2.628-2.676	0.295	102	0.279	2197	X-RAY DIFFRACTION	71
2.676-2.728	0.351	127	0.274	2424	X-RAY DIFFRACTION	75
2.728-2.783	0.343	136	0.272	2520	X-RAY DIFFRACTION	80
2.783-2.844	0.348	136	0.257	2716	X-RAY DIFFRACTION	86
2.844-2.91	0.287	144	0.258	2956	X-RAY DIFFRACTION	91
2.91-2.983	0.313	145	0.248	3023	X-RAY DIFFRACTION	96
2.983-3.063	0.306	160	0.248	3103	X-RAY DIFFRACTION	98
3.063-3.153	0.313	170	0.235	3152	X-RAY DIFFRACTION	99
3.153-3.255	0.284	170	0.228	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
3.255-3.371	0.266	164	0.214	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
3.371-3.506	0.299	175	0.203	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.506-3.665	0.261	183	0.186	3154	X-RAY DIFFRACTION	99
3.665-3.858	0.221	140	0.19	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
3.858-4.099	0.237	181	0.166	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
4.099-4.415	0.185	171	0.144	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
4.415-4.858	0.193	184	0.14	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
4.858-5.557	0.205	177	0.158	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
5.557-6.988	0.3	159	0.204	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
6.988-30.593	0.221	177	0.221	3206	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7617	-0.419	1.6583	0.6889	-0.1098	1.5554	-0.1477	0.0659	0.2459	-0.4085	0.1581	-0.024	-0.3473	-0.13	0.0059	0.5189	0.0654	-0.0432	0.2612	-0.0273	0.2405	-20.9146	-11.5481	-24.6659
2	2.046	1.1257	0.1172	3.4963	0.44	0.2069	0.3788	-0.7203	-0.12	1.1481	-0.4543	0.1546	-0.0507	-0.0787	0.0175	0.6956	-0.1006	0.0988	0.4611	-0.084	0.1189	-33.0956	-38.8584	-24.4563
3	3.7274	-0.0466	1.5682	1.9835	0.1399	3.0328	0.3586	0.1035	0.1089	-0.0951	-0.1239	-0.2228	0.25	0.1679	-0.2186	0.4452	-0.0128	-0.0292	0.2816	-0.039	0.3487	-3.1257	-21.1064	-17.3239
4	5.1043	2.0483	-1.9889	1.2039	-1.193	1.1976	0.5426	-0.7636	-0.2308	0.5414	-0.3843	-0.1539	-0.2604	0.3	-0.0707	0.5139	-0.011	-0.1782	0.3887	-0.0847	0.2356	-24.4448	-49.6801	-33.4941
5	1.2896	0.132	2.0591	1.3858	0.7355	3.2547	0.1743	0.1099	-0.1064	-0.1133	0.0044	0.4349	0.3116	-0.021	-0.1281	0.2964	0.0302	-0.0408	0.2723	-0.0476	0.4104	17.6751	-66.0202	-62.2785
6	0.7317	0.7255	1.0577	2.9911	-0.8087	2.1062	0.1436	0.305	0.193	0.0402	-0.3974	-0.6813	-0.0376	0.8132	0.3038	0.1855	0.0436	0.1008	0.5384	0.0427	0.7246	18.2682	-38.7141	-74.4006
7	2.7054	0.001	1.621	2.5455	0.4419	2.9454	-0.3247	-0.204	0.1751	0.4297	0.0403	0.013	0.1946	-0.1567	0.2343	0.4252	0.0392	0.0126	0.3644	0.0091	0.2894	24.501	-56.4714	-44.269
8	2.2348	1.0227	-0.9864	1.4991	-2.7028	4.3704	0.0793	-0.2355	-0.4175	0.184	-0.3903	-0.4905	-0.0502	0.6214	0.2629	0.3426	0.0994	-0.1809	0.412	0.0181	0.4724	9.0307	-27.9312	-66.225
9	2.889	-0.0396	-1.788	0.4479	0.7533	1.4078	-0.1468	-0.0593	-0.081	-0.0301	0.3344	0.0481	0.1901	-0.0706	-0.0866	0.4507	0.0751	-0.0498	0.297	-0.0069	0.2663	-17.9234	-24.6881	-65.3901
10	1.1492	-0.6758	-0.0776	5.1109	-0.5444	0.0826	-0.0854	-0.1469	0.1926	0.665	0.0729	-0.0697	-0.355	0.3331	-0.0508	0.7532	-0.0291	-0.0883	0.3397	-0.0456	0.2585	-3.2195	2.3814	-64.8765
11	1.9824	1.8518	-2.1024	3.2965	-1.3703	4.68	0.2384	0.1958	0.142	0.0281	0.0946	0.4562	-0.3673	-0.3069	-0.3199	0.3331	-0.0107	-0.0106	0.3027	0.0365	0.3191	-35.5592	-14.8063	-58.539
12	4.8773	2.792	0.6027	1.2808	-0.0377	2.961	0.4444	-0.3333	0.4524	0.3978	-0.025	0.363	0.1258	-0.4397	-0.3356	0.4738	-0.0048	0.1523	0.3555	0.1366	0.3273	-11.1814	13.4095	-73.6186
13	2.1745	-0.7393	-2.0401	0.0112	0.1702	2.3995	-0.21	-0.1343	0.1257	-0.0152	0.246	-0.1214	-0.084	0.0343	-0.0383	0.277	-0.0098	-0.0516	0.2936	-0.0692	0.3262	-23.1132	-52.8585	-60.345
14	0.9704	-0.2008	-0.2891	4.6152	0.8972	1.3024	0.0132	-0.08	-0.1151	0.1941	-0.0622	-0.7399	0.1826	0.0908	0.0636	0.2611	0.0254	-0.0971	0.301	0.0364	0.5835	-22.961	-79.9321	-45.5817
15	4.6511	1.0445	-2.0235	2.7707	-1.4285	1.1971	-0.3653	0.3277	-0.3638	-0.5424	0.189	-0.0555	0.0666	-0.274	0.1783	0.4666	-0.0571	-0.0079	0.3324	-0.0136	0.2825	-15.7998	-62.7513	-77.7682
16	5.9984	1.8823	-0.5127	1.5785	-2.6718	4.7961	-0.4883	0.5025	-0.0357	-0.3414	-0.0183	-0.114	0.6332	0.2849	0.449	0.4252	-0.119	0.1557	0.3519	0.0356	0.3246	-31.3674	-91.149	-54.8834

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN L AND RESID 1:112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN L AND RESID 113:213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN H AND RESID 1:137
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN H AND RESID 138:239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND RESID 1:112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND RESID 113:213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND RESID 1:137
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND RESID 138:239
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN D AND RESID 1:112
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND RESID 113:213
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND RESID 1:137
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND RESID 138:239
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN F AND RESID 1:112
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN F AND RESID 113:213
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN E AND RESID 1:137
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN E AND RESID 138:239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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