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万見
- PDB-3lqv: Branch Recognition by SF3b14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lqv
タイトルBranch Recognition by SF3b14
要素
  • Pre-mRNA branch site protein p14
  • Splicing factor 3B subunit 1
キーワードPROTEIN BINDING / Cysless mutant / pre-mRNA splicing / adenine / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / Spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / B-WICH complex / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / blastocyst formation / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP ...U11/U12 snRNP / B-WICH complex / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / blastocyst formation / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / nuclear speck / chromatin remodeling / mRNA binding / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SF3B6, RNA recognition motif / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1-like / : / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...SF3B6, RNA recognition motif / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1-like / : / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Schellenberg, M.J. / MacMillan, A.M.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2011
タイトル: Branch Recognition by SF3b14
著者: Schellenberg, M.J. / Dul, E.L. / MacMillan, A.M.
履歴
登録2010年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA branch site protein p14
B: Pre-mRNA branch site protein p14
P: Splicing factor 3B subunit 1
Q: Splicing factor 3B subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8366
ポリマ－36,5664
非ポリマー2702
水1,44180
1
A: Pre-mRNA branch site protein p14
P: Splicing factor 3B subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4183
ポリマ－18,2832
非ポリマー1351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
2
B: Pre-mRNA branch site protein p14
Q: Splicing factor 3B subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4183
ポリマ－18,2832
非ポリマー1351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.848, 112.702, 82.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA branch site protein p14 / SF3B 14 kDa subunit


分子量: 13511.514 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 11-125 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGI-110, HSPC175, HT006, SF3B14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3B4
#2: タンパク質・ペプチド Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155


分子量: 4771.279 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 377-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAP155, SF3B1, SF3b155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75533
#3: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6
詳細: PEG3350, 0.2M NaCl, 20mM Adenine, pH 6, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11586 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 18348 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.38-2.493.10.30115880.99584
2.49-2.593.40.30816171.00186.4
2.59-2.73.60.317801.0294
2.7-2.853.90.21618620.98898.2
2.85-3.024.10.17218580.99598.9
3.02-3.264.10.09818810.97599.3
3.26-3.584.10.06318971.00899.3
3.58-4.14.10.04819060.99199.2
4.1-5.1740.03319401.00799.6
5.17-503.90.02420190.99499.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
REFMAC5.2.0005位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→46.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 13.1 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 945 5.2 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 18329 95.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.1 Å2 / Biso mean: 49.856 Å2 / Biso min: 27.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å20 Å20 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→46.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2545 0 20 80 2645
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.9873551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1415300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.25523.957139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.04615471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2161523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21753
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0860.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8531.51573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37122481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15931222
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3344.51070
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.449 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 69 -
Rwork0.282 1054 -
all-1123 -
obs--81.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9803-0.96281.97481.944-0.16952.9919-0.01890.21270.2703-0.077-0.0793-0.0401-0.03390.10650.0982-0.2991-0.0470.00140.14170.013-0.08429.21231.55934.887
25.8831.0655-0.52622.30080.36911.5566-0.1288-0.1151-0.3903-0.0039-0.0103-0.22180.08250.22350.1392-0.29580.02170.0180.18730.0214-0.02843.64422.21138.505
34.2767-1.98254.91021.5665-2.21026.91360.1415-0.01170.1208-0.0402-0.1709-0.11380.01130.14820.0295-0.0943-0.05370.0461-0.0668-0.0356-0.102119.92631.37622.596
42.98482.8872.43356.37581.39365.29550.1251-0.2631-0.5420.48810.01380.15651.17650.4066-0.139-0.02490.15450.0707-0.110.0630.1069-5.0479.73440.31
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3P6 - 43
4X-RAY DIFFRACTION4Q6 - 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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