PDB-3lqk: Crystal structure of dipicolinate synthase subunit B from Bacillu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lqk

タイトル

Crystal structure of dipicolinate synthase subunit B from Bacillus halodurans C

要素

Dipicolinate synthase subunit B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dipicolinate synthase / Flavoprotein / PSI2 / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nocek, B. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of dipicolinate synthase subunit B from Bacillus halodurans C
著者: Nocek, B. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lqk.cif.gz	50.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lqk.ent.gz	40.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lqk_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lqk_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	3lqk_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	3lqk_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/3lqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/3lqk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wtk-1 2f7b-2 2v4l-d 3eiz-1 1e7u-d 5g55-d 4aof-d 5k3i-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC41279.0

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dipicolinate synthase subunit B

ヘテロ分子

22.6 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Dipicolinate synthase subunit B

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
136 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-y+1,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_565	-x+y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_665	-y+1,-x+1,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_555	-x+y,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_565	x,x-y+1,-z+1/2	1

2

A: Dipicolinate synthase subunit B

ヘテロ分子

A: Dipicolinate synthase subunit B

ヘテロ分子

A: Dipicolinate synthase subunit B

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
67.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Dipicolinate synthase subunit B

ヘテロ分子

A: Dipicolinate synthase subunit B

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.185, 110.185, 71.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-272- HOH

#1: タンパク質	Dipicolinate synthase subunit B 分子量: 22396.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 株: C-125 / 遺伝子: spoVFB, BH2402 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21DE3 / 参照: UniProt: Q9KA88
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris, 0.3 M 195NSBD, 2.0 M Ammonium dihydrogen phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月4日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 15060 / Num. obs: 14994 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 40 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 742 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
直接法		モデル構築
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 7.987 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21296	749	5 %	RANDOM
R_work	0.16658	-	-	-
all	0.17	14930	-	-
obs	0.16882	14181	96.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.038 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0.1 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1460	0	10	84	1554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.781	1.975	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.077	3	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.421	5	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.549	25.273	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.202	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.912	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.094	1.5	979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.301	1.5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.021	2	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.245	3	532
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.541	4.5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	60	-
R_work	0.194	1029	-
obs	-	-	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2519	-0.1598	-0.5469	2.0684	-0.0581	0.8456	-0.0327	0.2485	-0.1127	-0.0275	0.0721	-0.1268	-0.011	-0.0182	-0.0394	0.1566	0.0038	-0.0038	0.142	-0.0416	0.1313	9.6278	41.8054	-1.7784
2	3.8884	-4.4511	0.6082	7.0889	-1.9642	3.1194	-0.0194	0.2482	0.1196	-0.0497	-0.0165	-0.4956	-0.0954	0.0773	0.0359	0.13	0.0139	0.0358	0.1549	0.0036	0.1446	17.4889	41.8877	-2.9022
3	2.1807	-1.1193	0.6746	4.4914	-1.4286	0.5306	0.0383	0.2607	-0.1278	-0.0201	-0.1509	0.0515	0.0142	-0.0078	0.1126	0.1421	0.0247	0.0043	0.1821	-0.044	0.111	7.4166	41.0005	-5.2427
4	1.6418	-5.4453	5.7021	2.4602	-9.3921	8.749	0.0891	0.1064	-0.0068	-0.4398	-0.0151	-0.0011	0.394	0.0252	-0.074	0.4453	-0.0089	0.0159	0.323	0.0136	0.0736	10.0508	50.5485	-19.4317
5	6.8588	-3.4215	0.2257	4.2477	-1.0246	0.6576	-0.0233	0.4561	-0.1093	-0.2452	-0.028	0.0513	0.0348	0.017	0.0513	0.1477	0.0137	-0.0085	0.1951	-0.0435	0.0536	4.9604	43.3046	-11.0376
6	0.5436	0.445	-0.18	1.3398	0.462	0.3509	0.0125	0.0911	-0.0279	-0.0109	-0.0586	0.0139	-0.0135	-0.0724	0.0461	0.1461	0.0083	0.0114	0.1668	-0.0087	0.1291	1.2435	48.3311	1.5423
7	0.4924	0.2072	0.1951	0.2679	0.2496	0.3197	0.0035	0.0228	0.0516	-0.0159	-0.06	0.038	-0.0245	-0.0316	0.0565	0.1593	0.0089	0.0099	0.1512	0.0008	0.1305	4.0388	52.4117	5.9535
8	0.6165	0.7954	-0.386	3.0288	0.4879	1.4062	-0.0564	-0.023	0.0779	0.0599	0.0765	-0.0811	0.0786	-0.0224	-0.0201	0.1455	0.0052	0.0157	0.1508	0.0035	0.1322	3.2206	50.4871	14.7941
9	1.6522	1.0689	0.3736	1.8309	0.2558	0.1616	0.0233	-0.0053	-0.0993	0.0533	-0.0532	-0.0919	0.0247	0.0934	0.0299	0.1423	0.0101	0.0128	0.1558	0.0092	0.1218	16.3163	47.5298	10.0956
10	-1.1217	-0.3288	1.0369	2.4137	-5.0997	9.3707	0.0282	-0.0719	-0.0539	0.0528	-0.5352	-0.3441	-0.0058	0.7623	0.507	0.1306	0.0119	0.016	0.2052	0.053	0.2308	18.6951	45.6296	14.9753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	44 - 59
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	60 - 75
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	76 - 104
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	105 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	142 - 150
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	151 - 185
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	186 - 195

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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