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万見
- PDB-3lpv: X-ray crystal structure of duplex DNA containing a cisplatin 1,2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lpv
タイトルX-ray crystal structure of duplex DNA containing a cisplatin 1,2-d(GpG) intrastrand cross-link
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA / cisplatin
機能・相同性Cisplatin / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Todd, R.C. / Lippard, S.J.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2010
タイトル: Structure of duplex DNA containing the cisplatin 1,2-{Pt(NH(3))(2)}(2+)-d(GpG) cross-link at 1.77A resolution.
著者: Todd, R.C. / Lippard, S.J.
履歴
登録2010年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,35110
ポリマ－14,6544
非ポリマー6976
水2,666148
1
A: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6755
ポリマ－7,3272
非ポリマー3493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area4490 Å2
手法PISA
2
C: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6755
ポリマ－7,3272
非ポリマー3493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area4490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.303, 35.425, 45.128
Angle α, β, γ (deg.)80.06, 84.09, 81.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*C)-3'


分子量: 3565.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Oligonucleotide
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*G)-3'


分子量: 3761.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Oligonucleotide
#3: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum


分子量: 300.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細NUMBERING OF WATER MOLECULES IN THE PUBLICATION TEXT REFER THE LAST THREE DIGITS OF THE HOH RESIDUE ...NUMBERING OF WATER MOLECULES IN THE PUBLICATION TEXT REFER THE LAST THREE DIGITS OF THE HOH RESIDUE NUMBER IN THE PDB FILE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 120 mM Magnesium Acetate, 50 mM Sodium Cacodylate pH 6.5, 28% w/v PEG-4000, 1 mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月30日 / 詳細: Rh coated flat mirror, toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 17639 / Num. obs: 17639 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.77-1.832.50.38985.2
1.83-1.912.70.35195
1.91-1.992.90.33396.5
1.99-2.130.22997.2
2.1-2.2330.17597.7
2.23-2.430.1497.5
2.4-2.6430.10197.9
2.64-3.0330.09398.2
3.03-3.8130.06898.2
3.81-502.90.0996.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AIO

1aio


解像度: 1.77→44.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.234 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19788 891 5.1 %RANDOM
Rwork0.17212 ---
obs0.17342 16745 96.25 %-
all-17624 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20.09 Å21.75 Å2
2---0.34 Å21.31 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→44.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 972 10 148 1130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.88331704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1050.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2650.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2630.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0740.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0410.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1660.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3151.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89531104
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.844.51704
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.772→1.817 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 45 -
Rwork0.254 1112 -
obs--85.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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