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- PDB-3lpn: Crystal structure of the phosphoribosylpyrophosphate (PRPP) synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lpn
タイトルCrystal structure of the phosphoribosylpyrophosphate (PRPP) synthetase from Thermoplasma volcanium in complex with an ATP analog (AMPCPP).
要素Ribose-phosphate pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / Phosphoribosyltransferase / ATP analog binding / ATP-binding / Kinase / Metal-binding / Nucleotide biosynthesis / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose phosphate diphosphokinase complex / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / kinase activity / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribose-phosphate pyrophosphokinase, archaea / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold ...Ribose-phosphate pyrophosphokinase, archaea / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Ribose-phosphate pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma volcanium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cherney, M.M. / Cherney, L.T. / Garen, C.R. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The structures of Thermoplasma volcanium phosphoribosyl pyrophosphate synthetase bound to ribose-5-phosphate and ATP analogs.
著者: Cherney, M.M. / Cherney, L.T. / Garen, C.R. / James, M.N.
履歴
登録2010年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9349
ポリマ－64,4432
非ポリマー1,4917
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.576, 141.162, 50.039
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribose-phosphate pyrophosphokinase / RPPK / Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase / P-Rib-PP synthetase / PRPP synthetase


分子量: 32221.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / 株: ATCC51530 / 遺伝子: prs, TV0197, TVG0201915, TVN0197 / プラスミド: pvp16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) plysS / 参照: UniProt: Q97CA5, ribose-phosphate diphosphokinase
#2: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 49202 / Num. obs: 49153 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4918 / Rsym value: 0.594 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BALBES位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.4_4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1u9y

1u9y


解像度: 1.8→29.174 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2159 2486 5.07 %random
Rwork0.1737 ---
obs0.1758 49076 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.212 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.174 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4517 0 87 497 5101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.036336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0031760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8340.31721500.26532563X-RAY DIFFRACTION99
1.834-1.87140.24921320.23882566X-RAY DIFFRACTION100
1.8714-1.91210.27081310.22572595X-RAY DIFFRACTION100
1.9121-1.95660.27591440.22092565X-RAY DIFFRACTION100
1.9566-2.00550.24051260.20152623X-RAY DIFFRACTION100
2.0055-2.05970.22391560.19452553X-RAY DIFFRACTION100
2.0597-2.12030.2661470.18362550X-RAY DIFFRACTION100
2.1203-2.18870.21231460.18512600X-RAY DIFFRACTION100
2.1887-2.26690.25821240.17962609X-RAY DIFFRACTION100
2.2669-2.35760.23251230.16812581X-RAY DIFFRACTION100
2.3576-2.46490.21371360.16832598X-RAY DIFFRACTION100
2.4649-2.59470.23041100.17142625X-RAY DIFFRACTION100
2.5947-2.75720.23681390.18012609X-RAY DIFFRACTION100
2.7572-2.96990.2061400.18172566X-RAY DIFFRACTION100
2.9699-3.26840.21341470.17182578X-RAY DIFFRACTION100
3.2684-3.74050.20721470.15012584X-RAY DIFFRACTION100
3.7405-4.70940.16311440.1362602X-RAY DIFFRACTION100
4.7094-29.17790.18631440.16642623X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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