PDB-3lp6: Crystal Structure of Rv3275c-E60A from Mycobacterium tuberculosis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lp6

タイトル

Crystal Structure of Rv3275c-E60A from Mycobacterium tuberculosis at 1.7A resolution

要素

Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

キーワード

LYASE / alpha and beta protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Decarboxylase / Purine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Kim, H. / Yu, M. / Hung, L.-W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Rv3275c-E60A from Mycobacterium tuberculosis at 1.7A Resolution
著者: Kim, H. / Yu, M. / Hung, L.-W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y.

履歴

登録	2010年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	3trh-2 4grd-1 1o4v-1 3kuu-5 1qcz-1 2nsh-1 3trh-1 2nsj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Rv3275c

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

ヘテロ分子

71.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

ヘテロ分子

A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 8 ポリマー
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2

A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

ヘテロ分子

C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	145.696, 145.696, 58.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit / AIR carboxylase / AIRC 分子量: 17633.453 Da / 分子数: 4 / 変異: E60A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37RV / 遺伝子: MT3375, MTCY71.15c, purE, Rv3275c / プラスミド: Custom / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P96880, UniProt: P9WHM1*PLUS, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
#2: 化合物	... ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.1M Na acetate pH5.4, 1.7M Na formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 69300 / Num. obs: 63825 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.6 % / B_iso Wilson estimate: 17.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6825 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_292)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O4VA

解像度: 1.702→45.558 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2031	2029	3.22 %	RANDOM
R_work	0.1682	-	-	-
obs	0.1693	62961	90.97 %	-
all	-	68915	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.668 Å² / k_sol: 0.384 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.7572 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.7572 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.5143 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.702→45.558 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4737	0	78	408	5223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4934
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	6694
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.058	1784
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	794
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	890

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.702-1.7628	0.2522	186	0.1962	5591	X-RAY DIFFRACTION	85
1.7628-1.8334	0.2355	186	0.1815	5573	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8334-1.9169	0.2212	190	0.1762	5696	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9169-2.0179	0.2494	205	0.1801	6067	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0179-2.1444	0.2403	200	0.1689	6099	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1444-2.3099	0.1974	200	0.167	6134	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3099-2.5424	0.2083	208	0.1734	6112	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5424-2.9102	0.2546	208	0.1779	6271	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9102-3.6663	0.164	216	0.157	6434	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6663-45.5743	0.1703	230	0.1565	6955	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1528	0.3745	0.0339	1.4672	0.4815	0.2929	-0.116	0.2331	-0.1716	-0.4294	0.1815	-0.0924	-0.0345	0.0585	-0.0414	0.2319	-0.0112	-0.0067	0.1948	-0.041	0.2199	56.2859	19.8637	13.5725
2	1.0835	0.0706	-0.0128	0.3882	-0.0264	0.0644	0.0749	0.1749	-0.2777	-0.2658	0.0235	-0.1075	-0.0095	0.0132	-0.0538	0.2304	-0.0084	0.032	0.2174	-0.1092	0.212	56.5998	17.0028	15.2091
3	0.7407	-0.5056	0.2114	0.5086	0.0143	0.5571	-0.0173	-0.1257	-0.0424	-0.1135	0.1142	0.0139	0.1603	-0.0096	-0.1003	0.1542	-0.0028	-0.0426	0.1352	-0.0288	0.2872	51.2209	9.7187	22.5192
4	0.7811	-0.1285	0.131	0.3204	0.231	0.2939	0.0209	-0.0032	-0.0889	-0.079	0.0156	0.0533	-0.0246	-0.0277	-0.0307	0.1188	0.0021	-0.0031	0.1412	-0.0156	0.15	51.7369	25.387	24.7943
5	0.1088	0.4556	-0.1593	2.4549	-0.6176	0.31	-0.2091	0.0358	-0.131	-0.2294	0.1725	-0.7381	0.1855	-0.0202	0.0303	0.1635	0.0181	0.0411	0.2057	-0.0672	0.3242	73.9923	23.0464	20.9916
6	2.8896	-2.6984	0.1284	3.4414	-0.2675	0.098	0.0391	0.6106	-0.1146	-0.201	-0.2407	0.0913	-0.0505	-0.0196	0.173	0.2146	-0.006	0.0391	0.2778	-0.0361	0.2509	71.4235	44.5994	8.871
7	1.3684	0.0298	-0.2903	0.2488	-0.2371	0.3464	0.2232	0.2895	0.0847	-0.2314	-0.0683	-0.0171	-0.0132	-0.0007	-0.1056	0.2219	-0.0027	0.0578	0.1949	0.0111	0.1952	64.8482	56.1777	13.979
8	1.6979	-2.3465	-0.0391	3.5779	0.3068	0.1927	0.1002	0.2392	0.5159	-0.4786	-0.0192	-0.7116	-0.1233	-0.0644	-0.0757	0.2257	-0.0169	0.1094	0.1903	0.0448	0.3254	68.4561	60.6814	14.551
9	0.254	0.0459	-0.284	0.5979	0.0501	0.4118	0.1267	-0.0298	0.0466	0.0217	-0.0907	-0.2041	-0.0082	0.0524	-0.0388	0.1528	-0.0076	0.042	0.1834	-0.0371	0.3173	74.4881	49.4681	22.9868
10	0.195	-0.2117	-0.1203	0.2585	0.1298	0.386	0.0213	0.0637	0.0427	-0.0769	0.02	-0.0734	0.0418	-0.0151	-0.0396	0.1456	-0.0135	0.0165	0.1273	-0.0071	0.1782	59.9882	51.9166	25.271
11	1.1332	-0.7521	0.0571	0.598	-0.1467	0.1208	0.0591	0.0933	0.6616	0.1869	-0.1535	-0.5342	-0.1443	0.1231	0.0953	0.2448	-0.0204	0.0069	0.147	0.0631	0.4142	60.62	74.483	21.2426
12	1.0366	1.458	0.0488	2.1462	0.0291	0.0894	-0.0072	0.3397	0.3212	-0.1406	0.0043	0.4508	0.2708	-0.0585	-0.0183	0.2653	0.0046	-0.0029	0.2504	0.1033	0.3474	35.1649	73.0994	8.4001
13	0.8106	-0.3988	0.8245	0.9736	-0.7671	1.0533	0.0671	-0.2883	-0.0447	0.3226	0.0252	-0.2135	0.0194	-0.0479	-0.0536	0.1671	0.0037	-0.0484	0.2058	0.0132	0.1817	66.8863	28.3536	43.4071
14	0.2284	-0.0896	-0.0896	0.5686	0.013	0.0817	-0.0495	-0.2933	-0.1413	0.2525	0.0709	-0.2028	0.0456	-0.0318	-0.0135	0.1922	0.0215	-0.0751	0.2025	0.0376	0.2523	68.9732	23.4487	42.8385
15	0.2367	0.2658	0.1618	1.1173	-0.0093	0.4592	0.0348	0.005	0.0189	0.0464	-0.0595	-0.2947	-0.0341	0.1824	0.0176	0.1334	0.0037	-0.0133	0.1787	-0.0253	0.3135	74.638	35.9979	33.9202
16	0.4256	0.0175	0.2365	0.5188	0.0801	0.21	-0.0112	-0.1039	0.0012	0.0336	0.0329	-0.0428	-0.0761	0.0038	-0.0178	0.1185	0.004	-0.0011	0.1293	-0.0099	0.1315	60.1303	33.4875	32.2737
17	0.8182	0.1126	0.0248	0.1129	0.1272	0.2411	0.1679	-0.2069	-0.3991	0.0512	-0.0977	-0.1521	0.0561	0.157	-0.0451	0.1768	0.0298	-0.0254	0.171	0.0493	0.3056	61.4389	10.6803	35.9582
18	0.372	-0.2153	-0.551	1.0144	0.2077	1.0819	0.0476	-0.0679	-0.0926	0.3102	-0.1278	0.3367	-0.1784	-0.3002	0.0304	0.2579	0.0224	0.0452	0.2699	0.111	0.326	36.379	12.0884	49.3532
19	0.2641	-0.5319	0.0777	1.2472	-0.4624	0.548	-0.1232	-0.1758	-0.1068	0.2703	0.2477	0.3912	-0.065	-0.1095	-0.1068	0.1932	0.0015	0.0314	0.2056	0.093	0.2595	28.7147	16.9252	44.4044
20	2.8002	-0.5881	0.1057	0.2821	-0.1476	1.1112	-0.0642	-0.307	-0.5279	0.2286	0.1993	0.3688	-0.1371	-0.151	-0.0313	0.1914	0.0085	0.0589	0.2125	0.1359	0.2573	23.9236	18.2665	44.037
21	0.4953	-0.4798	0.4004	0.9775	-0.898	0.8353	-0.004	0.0695	-0.2372	-0.1837	0.0213	0.0836	0.1947	0.0265	-0.0214	0.1556	-0.0022	-0.0276	0.1201	0.0373	0.3049	36.7207	11.0214	34.2092
22	0.2527	-0.3279	0.1226	0.4573	-0.2646	0.3706	0.0277	-0.0059	-0.1257	-0.0418	0.041	0.03	0.0008	0.0397	-0.0608	0.1168	-0.0133	-0.0153	0.1382	0.0246	0.1683	33.6699	25.1701	32.6302
23	0.0477	-0.0316	0.0188	0.9082	-0.1986	0.0776	-0.2433	-0.0526	-0.3085	0.0679	0.3752	0.78	0.2719	-0.0091	-0.1432	0.1407	-0.0514	0.0206	0.2215	0.1585	0.5369	11.3261	21.9885	36.2399
24	3.2715	1.2219	-0.7059	0.811	-0.3511	0.2103	0.0643	-0.7618	0.0971	0.2266	-0.1475	0.2268	0.1815	0.134	0.0586	0.2322	-0.0446	0.0493	0.3555	0.0222	0.2753	13.6274	42.8273	48.635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:31)	A	6 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 32:45)	A	32 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 46:64)	A	46 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 65:133)	A	65 - 133
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 134:150)	A	134 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 151:169)	A	151 - 169
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 7:31)	B	7 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 32:42)	B	32 - 42
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 43:64)	B	43 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 65:133)	B	65 - 133
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 134:153)	B	134 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 154:173)	B	154 - 173
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 4:31)	C	4 - 31
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 32:41)	C	32 - 41
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 42:64)	C	42 - 64
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 65:133)	C	65 - 133
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 134:152)	C	134 - 152
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 153:173)	C	153 - 173
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 1:24)	D	1 - 24
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 25:41)	D	25 - 41
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain D and resid 42:64)	D	42 - 64
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 65:133)	D	65 - 133
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 134:149)	D	134 - 149
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 150:168)	D	150 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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