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Yorodumi- PDB-3lp6: Crystal Structure of Rv3275c-E60A from Mycobacterium tuberculosis... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lp6 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Rv3275c-E60A from Mycobacterium tuberculosis at 1.7A resolution | ||||||
Components | Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit | ||||||
Keywords | LYASE / alpha and beta protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Decarboxylase / Purine biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.702 Å | ||||||
Authors | Kim, H. / Yu, M. / Hung, L.-W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Rv3275c-E60A from Mycobacterium tuberculosis at 1.7A Resolution Authors: Kim, H. / Yu, M. / Hung, L.-W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lp6.cif.gz | 253.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3lp6.ent.gz | 209 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lp6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3lp6_validation.pdf.gz | 472.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3lp6_full_validation.pdf.gz | 475.4 KB | Display | |
Data in XML | 3lp6_validation.xml.gz | 29 KB | Display | |
Data in CIF | 3lp6_validation.cif.gz | 41.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/3lp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/3lp6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17633.453 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: E60A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: H37RV / Gene: MT3375, MTCY71.15c, purE, Rv3275c / Plasmid: Custom / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P96880, UniProt: P9WHM1*PLUS, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase #2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.4 Details: 0.1M Na acetate pH5.4, 1.7M Na formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 27, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 69300 / Num. obs: 63825 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6825 / % possible all: 85 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1O4VA Resolution: 1.702→45.558 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.668 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.702→45.558 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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