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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3loi | ||||||
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タイトル | Crystal structures of Cupin superfamily BbDUF985 from Branchiostoma belcheri tsingtauense in the apo and GDP-bound forms | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cupin domain of unknown function DUF985 / Uncharacterized protein YML079W-like / Cupin superfamily (DUF985) / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Branchiostoma belcheri tsingtauense (ナメクジウオ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zou, C.Z. / Du, Y. / He, Y.-X. / Saren, G. / Zhang, X. / Chen, Y. / Zhang, S.-C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2010 タイトル: Crystal structures of the apo and GDP-bound forms of a cupin-like protein BbDUF985 from Branchiostoma belcheri tsingtauense 著者: Zou, C.Z. / Du, Y. / He, Y.-X. / Saren, G. / Zhang, X. / Chen, Y. / Zhang, S.-C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3loi.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3loi.ent.gz | 34.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3loi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3loi_validation.pdf.gz | 423.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3loi_full_validation.pdf.gz | 425.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3loi_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3loi_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3loi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3loi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19558.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Branchiostoma belcheri tsingtauense (ナメクジウオ) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WRH7 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.48 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate trihydate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 21913 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1071 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1YUD 解像度: 2.1→33.396 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 76.435 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.396 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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