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- PDB-3log: Crystal structure of MbtI from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3log
タイトルCrystal structure of MbtI from Mycobacterium tuberculosis
要素Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
キーワードISOMERASE / chorismate / salicylate / anthranilate / isochorismate / isochorismate synthase / isochorismate lyase / Ion transport / Lyase / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity ...isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity / response to host immune response / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Salicylate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / SUCCINIC ACID / Salicylate synthase / Salicylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Bulloch, E.M.M. / Lott, J.S. / Baker, E.N. / Johnston, J.M.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2010
タイトル: Inhibition studies of Mycobacterium tuberculosis salicylate synthase (MbtI).
著者: Manos-Turvey, A. / Bulloch, E.M. / Rutledge, P.J. / Baker, E.N. / Lott, J.S. / Payne, R.J.
履歴
登録2010年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
B: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
C: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
D: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,44316
ポリマ－195,3094
非ポリマー1,13412
水29,2561624
1
A: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1564
ポリマ－48,8271
非ポリマー3283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1205
ポリマ－48,8271
非ポリマー2934
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1304
ポリマ－48,8271
非ポリマー3023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0373
ポリマ－48,8271
非ポリマー2102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.870, 115.703, 93.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI / Salicylate synthase mbtI / Mycobactin synthetase protein I


分子量: 48827.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mbtI, MT2454, Rv2386c / プラスミド: pET42a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21:DE3 p540/542
参照: UniProt: Q7D785, UniProt: P9WFX1*PLUS, isochorismate synthase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離

-
非ポリマー , 5種, 1636分子

#2: 化合物
ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 % / Mosaicity: 0.657 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 14% MPEG 5000, 0.2M succinic acid, KOH pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→93.66 Å / Num. all: 189008 / Num. obs: 189003 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.312 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique all: 16853 / Χ2: 0.929 / % possible all: 86.8

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å28.8 Å
Translation2.8 Å28.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G5F

2g5f


解像度: 1.73→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.853 / SU R Cruickshank DPI: 0.116 / SU Rfree: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 9542 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 188908 96.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.02 Å2 / Biso mean: 36.059 Å2 / Biso min: 18.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13421 0 75 1624 15120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02213945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.97718966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.07251827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.19721.815628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66152289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.47915191
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.22171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02110723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5051.58857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.421214246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6535088
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7844.54685
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.501 659 -
Rwork0.475 11178 -
all-11837 -
obs--82.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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