PDB-3lod: The crystal structure of the putative acyl-CoA N-acyltransferase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lod

タイトル

The crystal structure of the putative acyl-CoA N-acyltransferase from Klebsiella pneumoniae subsp.pneumoniae MGH 78578

要素

Putative acyl-CoA N-acyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / acyl-CoA N-acyltransferase / structural genomics / PSI2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Acyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhang, R. / Volkart, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the putative acyl-CoA N-acyltransferase from Klebsiella pneumoniae
著者: Zhang, R. / Volkart, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lod.cif.gz	41.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lod.ent.gz	28.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lod_validation.pdf.gz	426 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lod_full_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示
XML形式データ	3lod_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	3lod_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3lod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3lod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3d8p-2 5anu-d 5anw-d 6jvh-1 3zvs-3 3d8p-1 5nhy-1 6qvo-3 3rij-4 3zre-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC60650

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative acyl-CoA N-acyltransferase

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.734, 86.734, 99.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

This protein exists as monomer.

#1: タンパク質	Putative acyl-CoA N-acyltransferase 分子量: 17850.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) 株: ATCC 700721, MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_16030, KPN_01633 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A6T8Z3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative acyl-CoA N-acyltransferase

分子量: 17850.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: ATCC 700721, MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_16030, KPN_01633 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A6T8Z3

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, 16% PEG4000, , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→75.11 Å / Num. all: 7754 / Num. obs: 7687 / % possible obs: 99.13 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.3 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 37.11
反射シェル	解像度: 2.5→2.565 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 570 / % possible all: 92.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→75.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 21.602 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.259
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26308	369	4.6 %	RANDOM
R_work	0.22569	-	-	-
obs	0.22745	7687	99.13 %	-
all	-	7754	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.99 Å²	-0.99 Å²	0 Å²
2-	-	-1.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→75.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1125	0	0	23	1148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.127	1.969	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.796	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.028	24.151	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.084	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.334	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.225	1.5	723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.262	2	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.846	3	425
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.754	4.5	401

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.406	27	-
R_work	0.328	503	-
obs	-	530	92.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -2.7558 Å / Origin y: 29.5146 Å / Origin z: 3.8747 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1758 Å²	0.0279 Å²	0.0088 Å²	-	0.2511 Å²	-0.0174 Å²	-	-	0.2861 Å²
L	5.844 °²	-3.7607 °²	-3.5666 °²	-	4.0592 °²	1.6562 °²	-	-	4.1715 °²
S	-0.152 Å °	-0.1078 Å °	-0.0708 Å °	-0.1609 Å °	0.1277 Å °	0.1353 Å °	-0.0047 Å °	0.2252 Å °	0.0243 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	39 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	71 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	101 - 130
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	131 - 152

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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