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万見
- PDB-3lnr: Crystal structure of poly-HAMP domains from the P. aeruginosa sol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lnr
タイトルCrystal structure of poly-HAMP domains from the P. aeruginosa soluble receptor Aer2
要素Aerotaxis transducer Aer2
キーワードSIGNALING PROTEIN / HAMP domain / poly-HAMP domains
機能・相同性
機能・相同性情報


positive aerotaxis / aerotaxis / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1530 / HAMP N-terminal domain 3 / : / : / HAMP N-terminal domain 3 / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, second HAMP domain / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, first HAMP domain / HAMP domain / PAS domain / : ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1530 / HAMP N-terminal domain 3 / : / : / HAMP N-terminal domain 3 / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, second HAMP domain / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, first HAMP domain / HAMP domain / PAS domain / : / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PAS domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-accepting chemotaxis protein McpB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Airola, M.V. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structure of concatenated HAMP domains provides a mechanism for signal transduction.
著者: Airola, M.V. / Watts, K.J. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.
履歴
登録2010年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0904
ポリマ－18,9831
非ポリマー1063
水63135
1
A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子

A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1798
ポリマ－37,9672
非ポリマー2136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.612, 113.612, 66.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Aerotaxis transducer Aer2


分子量: 18983.375 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: aer2, PA0176 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I6V6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.1 M Lithium sulfate, 15-18% glycerol, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918, 0.97857, 0.97914, 0.95682
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
20.978571
30.979141
40.956821
反射解像度: 2.64→40 Å / Num. all: 13227 / Num. obs: 12446 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 38.4
反射 シェル解像度: 2.64→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 99.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 3.62 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.61 / 反射: 4983
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
3 wavelength110.97863.8-7.2
3 wavelength120.97912.2-8.4
3 wavelength130.95683.7-2.8
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se600.5150.590.9922.023
2Se600.4140.4390.1033.48
3Se600.4480.470.1541.887
4Se600.5080.4120.0560.783
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
12.95-500.64257
8.21-12.950.71424
6.43-8.210.69540
5.45-6.430.66621
4.82-5.450.63687
4.36-4.820.6765
4.02-4.360.55809
3.74-4.020.51880

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.13位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.64→40 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 1285 9.7 %
Rwork0.238 --
obs-12446 94.1 %
溶媒の処理Bsol: 54.079 Å2
原子変位パラメータBiso max: 130.13 Å2 / Biso mean: 74.865 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.405 Å20 Å20 Å2
2---5.405 Å20 Å2
3---10.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1231 0 3 35 1269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2812
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.6542.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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