[日本語] English
万見
- PDB-3ln5: Crystal structure of HLA-B*4104 in complex with a 11mer self-pept... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ln5
タイトルCrystal structure of HLA-B*4104 in complex with a 11mer self-peptide derived from S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase
要素
  • 11-mer peptide from S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-41 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin domain / Immune response / Major Histocompatibility Complex Class I / MHC-I peptide complex / peptide-binding motifs / Disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / nucleobase-containing compound metabolic process / purine ribonucleoside salvage ...Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / nucleobase-containing compound metabolic process / purine ribonucleoside salvage / regulation of interleukin-6 production / response to testosterone / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / defense response / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein-folding chaperone binding / T cell differentiation in thymus / protein refolding / methylation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Theodossis, A. / Gras, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Haematologica / 年: 2011
タイトル: The impact of human leukocyte antigen (HLA) micropolymorphism on ligand specificity within the HLA-B*41 allotypic family
著者: Bade-Doding, C. / Theodossis, A. / Gras, S. / Kjer-Nielsen, L. / Eiz-Vesper, B. / Seltsam, A. / Huyton, T. / Rossjohn, J. / McCluskey, J. / Blasczyk, R.
履歴
登録2010年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-41 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 11-mer peptide from S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7763
ポリマ－44,7763
非ポリマー00
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.950, 82.120, 110.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-41 alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen / B*4103 alpha chain / MHC class I antigen B*41 / Bw-41


分子量: 31771.967 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domains, UNP residues 25-298' / 由来タイプ: 組換発現
詳細: B*4104 allele (W95L/R97S/V103L/N114D polymorphic variant)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcRT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30479, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pcRT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 11-mer peptide from S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase


分子量: 1255.377 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 227-237 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fmoc peptide synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13126
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M citrate pH 5.6, 14-20% PEG 4000, 0.2M NH4OAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98133 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98133 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→55.1 Å / Num. all: 35909 / Num. obs: 35909 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 17.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16.79
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 4.26 / Num. unique all: 4620 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SYV

1syv


解像度: 1.9→34.044 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.853 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3580 9.97 %RANDOM
Rwork0.1908 32322 --
obs0.1957 35902 96.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.162 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 89.45 Å2 / Biso mean: 21.237 Å2 / Biso min: 5.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.973 Å2-0 Å20 Å2
2---4.189 Å2-0 Å2
3---7.162 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3158 0 0 226 3384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0044485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8231214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9250.29681360.21051077X-RAY DIFFRACTION87
1.925-1.95140.25081390.20381116X-RAY DIFFRACTION89
1.9514-1.97930.27711130.20511144X-RAY DIFFRACTION89
1.9793-2.00880.28031440.19981122X-RAY DIFFRACTION92
2.0088-2.04020.24121220.19271240X-RAY DIFFRACTION95
2.0402-2.07360.25391410.18611198X-RAY DIFFRACTION97
2.0736-2.10940.24861380.18881248X-RAY DIFFRACTION97
2.1094-2.14770.22131210.19151272X-RAY DIFFRACTION98
2.1477-2.1890.26871380.17831240X-RAY DIFFRACTION98
2.189-2.23370.28181350.1921252X-RAY DIFFRACTION99
2.2337-2.28230.24431300.1861268X-RAY DIFFRACTION99
2.2823-2.33540.26231380.18631286X-RAY DIFFRACTION99
2.3354-2.39370.26591400.19861237X-RAY DIFFRACTION99
2.3937-2.45840.28511330.19251277X-RAY DIFFRACTION99
2.4584-2.53080.26181530.19341261X-RAY DIFFRACTION99
2.5308-2.61240.23641230.20061278X-RAY DIFFRACTION99
2.6124-2.70580.25041540.20321259X-RAY DIFFRACTION98
2.7058-2.8140.26481400.19831267X-RAY DIFFRACTION99
2.814-2.9420.27521290.2071270X-RAY DIFFRACTION98
2.942-3.09710.23361380.21031264X-RAY DIFFRACTION98
3.0971-3.2910.21911410.19371288X-RAY DIFFRACTION99
3.291-3.54480.22481380.18271279X-RAY DIFFRACTION99
3.5448-3.90110.23071530.16471294X-RAY DIFFRACTION98
3.9011-4.46450.17521380.13951277X-RAY DIFFRACTION97
4.4645-5.62070.16651610.14171282X-RAY DIFFRACTION97
5.6207-34.04920.21531440.20711326X-RAY DIFFRACTION93

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る