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万見
- PDB-3lmy: The Crystal Structure of beta-hexosaminidase B in complex with Py... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lmy
タイトルThe Crystal Structure of beta-hexosaminidase B in complex with Pyrimethamine
要素Beta-hexosaminidase subunit beta
キーワードHYDROLASE / 6-stranded anti-parallel beta-sheet / TIM barrel / Disease mutation / Disulfide bond / Gangliosidosis / Glycoprotein / Glycosidase / Lysosome
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase complex / Defective HEXB causes GM2G2 / chondroitin sulfate catabolic process / Keratan sulfate degradation / dermatan sulfate catabolic process / penetration of zona pellucida / CS/DS degradation / Hyaluronan uptake and degradation / male courtship behavior / cortical granule ...beta-N-acetylhexosaminidase complex / Defective HEXB causes GM2G2 / chondroitin sulfate catabolic process / Keratan sulfate degradation / dermatan sulfate catabolic process / penetration of zona pellucida / CS/DS degradation / Hyaluronan uptake and degradation / male courtship behavior / cortical granule / glycosaminoglycan metabolic process / acetylglucosaminyltransferase activity / astrocyte cell migration / beta-N-acetylhexosaminidase activity / hyaluronan catabolic process / phospholipid biosynthetic process / maintenance of location in cell / beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / lipid storage / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / azurophil granule / oogenesis / lysosome organization / neuromuscular process controlling balance / single fertilization / myelination / lysosomal lumen / acrosomal vesicle / skeletal system development / locomotory behavior / sensory perception of sound / intracellular calcium ion homeostasis / neuron cellular homeostasis / azurophil granule lumen / regulation of cell shape / lysosome / Neutrophil degranulation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CP6 / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Beta-hexosaminidase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bateman, K.S. / Cherney, M.M. / Withers, S.G. / Mahuran, D.J. / Tropak, M. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of beta-hexosaminidase B in complex with Pyrimethamine
著者: Bateman, K.S. / Cherney, M.M. / Withers, S.G. / Mahuran, D.J. / Tropak, M. / James, M.N.G.
履歴
登録2010年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase subunit beta
B: Beta-hexosaminidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,07112
ポリマ－126,3602
非ポリマー2,71010
水1,40578
1
A: Beta-hexosaminidase subunit beta
ヘテロ分子

A: Beta-hexosaminidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,91510
ポリマ－126,3602
非ポリマー2,5558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area6210 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area38240 Å2
手法PISA
2
B: Beta-hexosaminidase subunit beta
ヘテロ分子

B: Beta-hexosaminidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,22614
ポリマ－126,3602
非ポリマー2,86612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area6280 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area37970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.898, 113.898, 397.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase subunit beta / N-acetyl-beta-glucosaminidase subunit beta / Beta-N-acetylhexosaminidase subunit beta / ...N-acetyl-beta-glucosaminidase subunit beta / Beta-N-acetylhexosaminidase subunit beta / Hexosaminidase subunit B / Cervical cancer proto-oncogene 7 protein / HCC-7


分子量: 63180.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: placenta / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07686, beta-N-acetylhexosaminidase

-
糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 81分子

#6: 化合物 ChemComp-CP6 / 5-(4-CHLORO-PHENYL)-6-ETHYL-PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE / PYRIMETHAMINE / ピリメタミン


分子量: 248.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13ClN4 / コメント: 薬剤, 抗寄生虫剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50% ammonium sulfate, 50mM potassium phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月30日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→35.9 Å / Num. obs: 35710 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0055精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 同系置換
開始モデル: PDB entry 1NOU

1nou


解像度: 2.8→35.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 29.405 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.17 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1801 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.197 33909 92.2 %-
all-54068 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.46 Å21.23 Å20 Å2
2--2.46 Å20 Å2
3----3.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.447 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7750 0 176 78 8004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0228165
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8821.97511118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0515953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02123.602372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.324151302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4211546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6621.54790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35927781
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40633375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1364.53337
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 117 -
Rwork0.335 2272 -
obs--86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3522-0.6041-0.30931.96390.52111.70330.03060.14580.0905-0.220.055-0.193-0.08660.1635-0.08550.1010.03180.0210.16340.01910.026329.48230.4685.022
20.6949-0.19190.05831.04840.47141.4283-0.0124-0.04450.02240.12940.08540.04750.0263-0.186-0.07290.05970.03990.01440.08840.0320.01529.34629.39529.837
31.25030.32660.09762.9071-1.02552.9160.076-0.25050.07730.43750.08310.1675-0.2686-0.1566-0.15910.2141-0.03180.09650.1302-0.02180.060636.6749.40451.046
40.3435-0.0509-0.1450.6785-0.55171.49040.03290.03610.08130.084-0.0265-0.0444-0.17840.0715-0.00640.0911-0.07840.00370.08690.00930.020854.73754.04525.042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A54 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2A199 - 552
3X-RAY DIFFRACTION3B54 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4B199 - 552

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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