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- PDB-3lmv: D-Tyr-tRNA(Tyr) Deacylase from plasmodium falciparum in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lmv
タイトルD-Tyr-tRNA(Tyr) Deacylase from plasmodium falciparum in complex with hepes
要素D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
キーワードHYDROLASE / DTD / HEPES / DEACYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Gly-tRNA(Ala) deacylase activity / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase activity / D-aminoacyl-tRNA deacylase / tRNA metabolic process / tRNA binding / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-aminoacyl-tRNA deacylase DTD / D-Tyr-tRNA(Tyr) deacylase / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase / D-aminoacyl-tRNA deacylase-like superfamily / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SULFITE ION / D-aminoacyl-tRNA deacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.833 Å
データ登録者Manickam, Y. / Khan, S. / Bhatt, T.K. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structure of D-tyrosyl-tRNATyr deacylase using home-source Cu Kalpha and moderate-quality iodide-SAD data: structural polymorphism and HEPES-bound enzyme states
著者: Yogavel, M. / Khan, S. / Bhatt, T.K. / Sharma, A.
履歴
登録2010年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
B: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
C: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
D: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
E: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
F: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,83014
ポリマ－115,3996
非ポリマー1,4328
水00
1
A: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
B: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3417
ポリマ－38,4662
非ポリマー8755
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12850 Å2
手法PISA
2
C: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
D: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9434
ポリマ－38,4662
非ポリマー4772
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
3
E: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
F: D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5463
ポリマ－38,4662
非ポリマー801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.65, 52.95, 89.68
Angle α, β, γ (deg.)75.4, 74.2, 86.1
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )A1 - 16
121chain A and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )A27 - 65
131chain A and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )A72 - 161
211chain B and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )B1 - 16
221chain B and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )B27 - 65
231chain B and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )B72 - 161
311chain C and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )C1 - 16
321chain C and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )C27 - 65
331chain C and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )C72 - 161
411chain D and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )D1 - 16
421chain D and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )D27 - 65
431chain D and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )D72 - 161
511chain E and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )E1 - 16
521chain E and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )E27 - 65
531chain E and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )E72 - 161
611chain F and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )F1 - 16
621chain F and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )F27 - 65
631chain F and (resseq 1:16 or resseq 27:65 or resseq 72:161 )F72 - 161

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要素

#1: タンパク質
D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase


分子量: 19233.084 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: DTD, PF11_0095 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q8IIS0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION


分子量: 80.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.85 % / Mosaicity: 1.748 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M TRIS/HEPES, 25-30% PEG3350, pH 7.5-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月29日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→50 Å / Num. obs: 20391 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.193 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.82→2.92 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Num. unique all: 1702 / Χ2: 1.365 / % possible all: 79.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.02 Å49.69 Å
Translation3.02 Å49.69 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LMT

3lmt


解像度: 2.833→29.243 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1042 5.11 %
Rwork0.207 --
obs0.209 20373 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.546 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 124.27 Å2 / Biso mean: 59.86 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.435 Å26.556 Å2-13.409 Å2
2---9.232 Å213.226 Å2
3---27.667 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.833→29.243 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6960 0 87 0 7047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0389724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7072524
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
12B1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
13C1129X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
14D1127X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
15E986X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
16F1115X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.832-2.9820.3951450.2912614275992
2.982-3.1680.3351290.2442769289897
3.168-3.4130.2911500.2282759290997
3.413-3.7550.2511530.22792294597
3.755-4.2970.2211410.1822791293298
4.297-5.4090.1911630.1632784294799
5.409-29.2450.2481610.2152822298399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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